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scarletwine

铜虫 (小有名气)

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[交流] 请教关于氢键的问题

请教各位大侠氢键怎么计算？
比如O...H-O或者N...H-O间的氢键是不是有一个特定的范围啊，O/N和H的距离在这个范围内的话就能形成氢键。那么这个范围是不是有固定的值啊，不会因为不同的化合物而有所变化吧！如果我说的都对的话还请大侠把这个范围也发上来！要是有关于介绍氢键比较详尽的书的话就太感谢啦！
还有就是在diamond里画氢键时只要把各个原子间的距离设定在氢键的范围就可以了吧？一下子问了很多很弱的问题，让各位见笑啦！

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1楼 2008-09-19 18:06:35

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xiaochuan155

金虫 (正式写手)

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是有固定范围，大概O----H距离在2.0以下一点多吧，角度最好是150-170之间，diamond里可以直接点build hydrogen bonds这个命令画出氢键

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2楼2008-09-20 09:27:24

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wwt1806

木虫 (正式写手)

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在diamond中，使用build hydrogen bond 后，生成的氢键方向有的不太好，需要自己重新手动定义一下的。

O...H-O的距离我看好多的文献都是2.8以下的。这个东西是不同的化合物有不同的值的，但是没有超过3的，我个人从来没有见过过3的。
而水上的H-O键长是小于2的，就像楼上所说的那样的。

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鲲鹏展翅行千里，他日无风假何物？

3楼2008-09-20 09:35:26

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laiping0913

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一般角度在120以上，O-H...O的距离在3（O-O之间的距离）以下，对于角度大概就这么大，键长的问题楼主最好是查文献，个人感觉如果氢键对你的结构有用的话查文献找到比你键长还长的那么引上这个文献你的氢键就可以用了。
在DIAMOND里可以先设定氢键，但是会有很多没有用的也会连上，需要手动删除

[ Last edited by laiping0913 on 2008-9-20 at 09:41 ]

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人生本来很happy何必苦苦study万一一天die了你说sorry不sorry人生本来很happy何必苦苦study娶个漂亮的wife生个可爱的小baby

4楼2008-09-20 09:39:57

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