应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教如何进行两个分子间势能面扫描（同时移动整个分子）
31/1返回列表
查看: 1336  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

McDolll

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何进行两个分子间势能面扫描（同时移动整个分子） 已有2人参与

小弟接触gaussian时间不久，在练习scan，现在想扫描两个分子间的距离，看看之间的vdw作用力

如果单原子分子的话我大概知道，直接用zmatrix然后扫描bond距离就行了
但是有个问题，如果是多原子分子要如何操作呢，比如我要把O2从苯环表面移开的话，要怎么设呢？ 之前尝试移动O2里的一个氧原子，结果发现另一个呆在那不动弹，有什么办法能让两个O原子绑定在一起然后能一起被移动吗？ 多谢多谢！！！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-12-03 04:09:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
用opt=modredundant，你在移动一个氧原子的时候，固定与这个氧原子相连的其他原子的键长键角等参数即可。
赞一下 回复此楼
2楼2015-12-03 07:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高斯技术支持

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

如果只改变两个片段直接距离，而不进行几何优化（刚性扫描），那么仍然需要使用Z-matrix。注意需要进行必要的的重编号（reorder），先定义其中一个片段（苯环），然后定义O2中的第一个氧原子，接着使用之前定义的氧原子定义第二个氧原子，才能保证第二个氧原子跟着第一个氧原子一起移动。

编辑操作可以借助Gaussview里的Atom List编辑器实现，通过修改“NA","NB","NC"改变原子定义
赞一下 回复此楼
3楼2015-12-10 01:29:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 McDolll 的主题更新
31/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭