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McDolll

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何进行两个分子间势能面扫描(同时移动整个分子) 已有2人参与

小弟接触gaussian时间不久,在练习scan,现在想扫描两个分子间的距离,看看之间的vdw作用力

如果单原子分子的话我大概知道,直接用zmatrix然后扫描bond距离就行了
但是有个问题,如果是多原子分子要如何操作呢,比如我要把O2从苯环表面移开的话,要怎么设呢? 之前尝试移动O2里的一个氧原子,结果发现另一个呆在那不动弹,有什么办法能让两个O原子绑定在一起然后能一起被移动吗? 多谢多谢!!!
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用opt=modredundant,你在移动一个氧原子的时候,固定与这个氧原子相连的其他原子的键长键角等参数即可。
2楼2015-12-03 07:45:40
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高斯技术支持

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

如果只改变两个片段直接距离,而不进行几何优化(刚性扫描),那么仍然需要使用Z-matrix。注意需要进行必要的的重编号(reorder),先定义其中一个片段(苯环),然后定义O2中的第一个氧原子,接着使用之前定义的氧原子定义第二个氧原子,才能保证第二个氧原子跟着第一个氧原子一起移动。

编辑操作可以借助Gaussview里的Atom List编辑器实现,通过修改“NA","NB","NC"改变原子定义
3楼2015-12-10 01:29:24
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