24小时热门版块排行榜    

查看: 1368  |  回复: 2

McDolll

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教如何进行两个分子间势能面扫描(同时移动整个分子) 已有2人参与

小弟接触gaussian时间不久,在练习scan,现在想扫描两个分子间的距离,看看之间的vdw作用力

如果单原子分子的话我大概知道,直接用zmatrix然后扫描bond距离就行了
但是有个问题,如果是多原子分子要如何操作呢,比如我要把O2从苯环表面移开的话,要怎么设呢? 之前尝试移动O2里的一个氧原子,结果发现另一个呆在那不动弹,有什么办法能让两个O原子绑定在一起然后能一起被移动吗? 多谢多谢!!!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
用opt=modredundant,你在移动一个氧原子的时候,固定与这个氧原子相连的其他原子的键长键角等参数即可。
2楼2015-12-03 07:45:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

高斯技术支持

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

如果只改变两个片段直接距离,而不进行几何优化(刚性扫描),那么仍然需要使用Z-matrix。注意需要进行必要的的重编号(reorder),先定义其中一个片段(苯环),然后定义O2中的第一个氧原子,接着使用之前定义的氧原子定义第二个氧原子,才能保证第二个氧原子跟着第一个氧原子一起移动。

编辑操作可以借助Gaussview里的Atom List编辑器实现,通过修改“NA","NB","NC"改变原子定义
3楼2015-12-10 01:29:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 McDolll 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿天津大学339材料与化工求调剂 +3 江往卖鱼 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:42 by 王小欠i
[考研] 297求调剂 +3 田洪有 2026-03-26 3/150 2026-03-26 09:38 by 杨杨杨紫
[考研] 考研调剂 +6 呼呼?~+123456 2026-03-24 6/300 2026-03-25 22:55 by 418490947
[考研] 086000生物与医药292求调剂 +4 小小陈小小 2026-03-22 7/350 2026-03-25 19:07 by 星空星月
[考研] 材料与化工 322求调剂 +6 然11 2026-03-19 6/300 2026-03-25 18:37 by haxia
[考研] 考研一志愿苏州大学初始315(英一)求调剂 +3 sbdksD 2026-03-24 4/200 2026-03-25 18:16 by xcjcqu
[考研] 302求调剂 +4 锦衣卫藤椒 2026-03-25 4/200 2026-03-25 16:29 by 功夫疯狂
[考研] 【2026考研调剂】制药工程 284分 求相关专业调剂名额 +4 袁奂奂 2026-03-25 8/400 2026-03-25 14:32 by lbsjt
[考研] 材料学硕,求调剂 6+4 糖葫芦888ll 2026-03-22 9/450 2026-03-25 11:19 by greychen00
[考研] 材料调剂 +6 匹克i 2026-03-23 6/300 2026-03-24 21:09 by greychen00
[有机交流] 有机合成求助 20+3 FENGSHUJEI 2026-03-23 5/250 2026-03-24 19:31 by 88817753
[考研] 080500求调剂 +3 zzzzfan 2026-03-24 3/150 2026-03-24 16:38 by barlinike
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +18 chaojifeixia 2026-03-19 20/1000 2026-03-24 10:34 by dolphin_ycj
[考博] 26申博自荐 +3 whh869393 2026-03-24 3/150 2026-03-24 09:55 by 21018060
[考研] 269求调剂 +4 我想读研11 2026-03-23 4/200 2026-03-23 21:25 by pswait
[考研] 求老师收我 +3 zzh16938784 2026-03-23 3/150 2026-03-23 12:56 by ztnimte
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 336求调剂 +5 rmc8866 2026-03-21 5/250 2026-03-21 17:24 by 学员8dgXkO
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 261求B区调剂,科研经历丰富 +3 牛奶很忙 2026-03-20 4/200 2026-03-20 19:34 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见