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[求助]
求大神看看这是为何？
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前段时间根据HY序列设计一对引物（引物信息及blast结果下附。），进行跑胶，只看到一条带，然后就胶回收测序，结果测序结果不理想（找不到下游引物）。就又进行连接转化，又一次测序，结果得到一542bp的片段（根据我参考的序列，引物可以p的理论目的片段应该是429bp），进行blast，结果如下图。我是第一次见到这样的blast结果。前面的这十几个物种都是和我参考HY序列设计引物的这个物种亲缘关系近的。我有两个疑问：第一，为什么会出现这样的断断续续的blast结果，是我的下游引物不特异出现了错配，还是genebank里没这种亲缘关系近的序列。第二：理论的片段比实际p的大了100多bp，是怎么回事？好像总结起来就是有两方面的原因，一是我设计的引物特异性不够，而是genebank未收录这种亲缘关系近的片段。求大神给个建议，不胜感激。 引物primer5的信息图.PNG  引物blast结果1.PNG  引物blast结果2 第二个是我参考的序列.PNG  p得片段blast的结果1.PNG  p的片段blast的结果2.PNG |
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