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做离子液体的动力学模拟，能量最小化的几种方法和它的时间，在mdp文件里怎样设置？ 发自小木虫Android客户端 |
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G、sir
木虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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雨里看雪: 金币+8, ★★★★★最佳答案, 很好 2015-12-18 16:04:30
雨里看雪: 金币+8, ★★★★★最佳答案, 很好 2015-12-18 16:04:30
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; minim.mdp - used as input into grompp to generate em.tpr ; Parameters describing what to do, when to stop and what to save define = -DPOSRES constraints = none integrator = steep ; Algorithm (steep = steepest descent minimization) emtol = 1000.0 ; Stop minimization when the maximum force < 20.0 kJ/mol/nm emstep = 0.01 ; Energy step size nsteps = 50000 ; Maximum number of (minimization) steps to perform ; Parameters describing how to find the neighbors of each atom and how to calculate the interactions nstlist = 1 ; Frequency to update the neighbor list and long range forces ns_type = grid ; Method to determine neighbor list (simple, grid) rlist = 1.2 ; Cut-off for making neighbor list (short range forces) coulombtype = PME ; Treatment of long range electrostatic interactions rcoulomb = 1.2 ; Short-range electrostatic cut-off rvdw = 1.2 ; Short-range Van der Waals cut-off pbc = xyz ; Periodic Boundary Conditions (yes/no) |
2楼2015-12-14 16:49:11
3楼2015-12-15 16:18:19
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