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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 无参转录组高通量测序后荧光定量pcr验证问题
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changmaster

新虫 (小有名气)

[求助] 无参转录组高通量测序后荧光定量pcr验证问题 已有4人参与

请问，有没有人是做无参转录组高通量测序的，结果回来后会得到很多序列，请问一下，做荧光定量验证实验引物设计有没有什么技巧呢，我设计了一些引物，试过很多次了，一直跑的不好。请问，有没有人知道，这样的高通量测序序列，要如何设计引物呢。小妹在此先谢过了。
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做自己，不试图成为任何人
1楼 2015-11-29 17:15:41
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

没有参考基因组的是做转录组测序吗？你把实验详情跟我说说，我帮你RT-PCR验证
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YNWA！
2楼2015-12-03 15:11:26
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e生物圈

捐助贵宾 (正式写手)

实验外包，请联系15110261808

【答案】应助回帖

商家已经主动声明此回帖可能含有宣传内容
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3楼2015-12-11 09:43:42
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金金要努力

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

首先无参转录组高通量测序获得的结果，你也知道有很多序列，那么你仅仅知道序列，是否能够通过比对？意思是你拿已有的序列作为参考序列，再将公司测序的结果比对到参考序列上，这个序列可以是相近的序列，比对上之后得到结果了，相对会好做一些。这只是我个人的经验。
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4楼2015-12-11 10:31:46
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changmaster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by KOP利 at 2015-12-03 15:11:26
没有参考基因组的是做转录组测序吗？你把实验详情跟我说说，我帮你RT-PCR验证

你要如何帮我呢，告诉我设计引物的技巧，我就已经很感谢了
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做自己，不试图成为任何人
5楼2015-12-11 20:31:47
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changmaster

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 金金要努力 at 2015-12-11 10:31:46
首先无参转录组高通量测序获得的结果，你也知道有很多序列，那么你仅仅知道序列，是否能够通过比对？意思是你拿已有的序列作为参考序列，再将公司测序的结果比对到参考序列上，这个序列可以是相近的序列，比对上之后 ...

我是根据公司比对好的CDS序列设计引物，直接把CDS粘贴到Primer3在线设计引物，但大部分引物跑普通pcr条带较暗，qpcr就根本跑不出CT值，感觉根据CDS设计引物，可能自己的方法有问题
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做自己，不试图成为任何人
6楼2015-12-11 20:35:24
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KOP利

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by changmaster at 2015-12-11 20:31:47
你要如何帮我呢，告诉我设计引物的技巧，我就已经很感谢了...

不知道你那样本量有多少？你是要检测多少指标呢？内参设定好了吗？
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YNWA！
7楼2015-12-14 08:47:39
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474254256

新虫 (初入文坛)
楼主请教下，无参考基因组的转录组，它给的基因都是自己编的号，如果我要分析差异基因，但是kegg上面给的是gene bank 号码，怎么能把差异基因和kegg联系起来？
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8楼2016-03-28 16:00:47
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antaolyzj

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by 474254256 at 2016-03-28 16:00:47
楼主请教下，无参考基因组的转录组，它给的基因都是自己编的号，如果我要分析差异基因，但是kegg上面给的是gene bank 号码，怎么能把差异基因和kegg联系起来？

测序公司会给一个数据分析是转录本与通路pathway的对应关系，筛选一下就能找到
无参转录组高通量测序后荧光定量pcr验证问题
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9楼2016-11-23 10:45:51
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