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martian_2012

铜虫 (初入文坛)

[交流] 推荐:生物实验室常用在线软件集锦 已有23人参与

生物实验室常用在线软件集锦
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序列相关

    密码子表达优化:Jcat
    核酸翻译为蛋白:Translate
    序列比对和搜索:NCBI Blast,Uniprot Blast
    序列比对的作图:ESPript

蛋白特性预测

    突变影响功能预测:MutPred
    突变热稳定性预测:AutoMute, PPSC, MUpro, cupsat, Eris, sdm, DFIRE, POPMUSIC, IMUTANT, MUTDB,
    蛋白质pKa值预测:H++, Propka, Depth
    蛋白质自聚集分析:AGGRESCAN
    蛋白质口袋区预测:Depth
    糖基化位点的预测:NetNGlyc
    信号肽位点的预测:SignalP
    蛋白跨膜区的预测:TMHMM
    螺旋结构的作图一:Wheel
    螺旋结构的作图二:Helical_Wheel

蛋白质结构相关

    相似结构搜索:PDBeFold
    二级结构预测:CFSSP, GOR4, PORTER
    三级结构预测:SwissModel, I-TASSER
    突变结构预测:RosettaBackrub
    短肽结构预测:PEP-FOLD

抗体相关

    可变区的识别:AlignCDR, Abnum
    三维结构预测:PIGS
    抗体接触位点:proABC
    抗体序列搜索:IMGT/V-QUEST, IgBlast
    抗体序列数据:VBASE2

相互作用相关

    相互作用热点预测:KFC2, HotPOINT
    蛋白蛋白分子对接:ZDOCK
    蛋白配体分子对接:Cdock

通用数据库

    核酸序列数据库:GenBank
    蛋白序列数据库:UniProt, Swiss-Prot
    蛋白质结构数据:RCSB PDB
    常用小分子库集:Click2Drug
    抑制剂分子购买:Selleckchem
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给我画只羊

新虫 (小有名气)

4楼2015-11-28 00:06:49
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新鲜柠檬片

新虫 (初入文坛)

3楼2015-11-27 23:04:48
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15541223321

木虫 (正式写手)

6楼2015-11-29 07:59:58
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7楼2015-11-29 08:42:31
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