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beyond-han

金虫 (著名写手)

[求助] 请帮忙将原子序号排正,并删除4个多余的H原子

如题,请帮忙将原子序号排正,目前的排序太乱;还有里面有4个H原子是多余的,请帮忙删除,四个多余的H原子为中间六面体结构的O上连的H,也就是中间甲醇上的O是没有H的,谢谢
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瘦,够了

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与,应助指数 +1
beyond-han: 金币+150, ★★★★★最佳答案, 邮件收到了,谢谢啦 2015-12-03 09:58:12
引用回帖:
3楼: Originally posted by beyond-han at 2015-11-27 08:51:11
啊,整失误了,这里面排的还可以,那就把那死多H原子删掉就行...

已经帮你把多余的氢原子删掉了,你看看行不行

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  • 2015-11-27 13:25:23, 91.98 K

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4楼2015-11-27 13:25:24
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普通回帖

瘦,够了

木虫 (正式写手)

你的原子序号本来就是按顺序排列的啊?排正是什么意思
2楼2015-11-26 10:41:49
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beyond-han

金虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 瘦,够了 at 2015-11-26 10:41:49
你的原子序号本来就是按顺序排列的啊?排正是什么意思

啊,整失误了,这里面排的还可以,那就把那死多H原子删掉就行
做最最最简单的自己
3楼2015-11-27 08:51:11
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beyond-han

金虫 (著名写手)

送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by 瘦,够了 at 2015-11-27 13:25:24
已经帮你把多余的氢原子删掉了,你看看行不行...

您好,十分感谢您的回帖,但是H原子删多了,您一共删掉了8个H,只要把中间六面体O连着的H删掉就行,另外四个甲醇上H原子不动。而且,刚才check了一下cif,发现出现了A类错误,之前是没有的,您再帮我改一下吧,最好把改之后的table给我发一份,谢谢啦
做最最最简单的自己
5楼2015-11-27 16:15:13
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瘦,够了

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by beyond-han at 2015-11-27 16:15:13
您好,十分感谢您的回帖,但是H原子删多了,您一共删掉了8个H,只要把中间六面体O连着的H删掉就行,另外四个甲醇上H原子不动。而且,刚才check了一下cif,发现出现了A类错误,之前是没有的,您再帮我改一下吧,最好 ...

已经弄好了 也没有AB错了 TABLE也在里面 名称为A.TXT 要用写字板打开不要用记事本打开。
Alert level A
SYMM001_ALERT_1_A  _symmetry_cell_setting is missing
            The cell setting should be one of the following
            *  triclinic
            *  monoclinic
            *  orthorhombic
            *  tetragonal
            *  rhombohedral
            *  trigonal
            *  hexagonal
            *  cubic
            The following tests will not be performed.
            SYMMS_01,SYMMS_02
EXPT005_ALERT_1_A  _exptl_crystal_description is missing
            Crystal habit description.
            The following tests will not be performed.
            CRYSR_01
DIFF003_ALERT_1_A  _diffrn_measurement_device_type is missing
            Diffractometer make and type. Replaces _diffrn_measurement_type.
PLAT122_ALERT_1_A No _symmetry_space_group_name_H-M Given ........     Please Do !
PLAT183_ALERT_1_A Missing _cell_measurement_reflns_used value ....     Please Do !
PLAT184_ALERT_1_A Missing _cell_measurement_theta_min value ......     Please Do !
PLAT185_ALERT_1_A Missing _cell_measurement_theta_max value ......     Please Do !
Alert level C
PLAT052_ALERT_1_C Info on Absorption Correction Method   Not Given     Please Do !
PLAT232_ALERT_2_C Hirshfeld Test Diff (M-X)  Ni1    --  N1      ..        6.5 s.u.  
PLAT242_ALERT_2_C Low    'MainMol' Ueq as Compared to Neighbors of         O1 Check
PLAT242_ALERT_2_C Low    'MainMol' Ueq as Compared to Neighbors of         O3 Check
PLAT341_ALERT_3_C Low Bond Precision on  C-C Bonds ...............    0.00757 Ang.  
PLAT413_ALERT_2_C Short Inter XH3 .. XHn     H7C    ..  H9C     ..       2.13 Ang.

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  • 2015-11-27 17:15:16, 97.42 K
6楼2015-11-27 17:15:19
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beyond-han

金虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 瘦,够了 at 2015-11-27 17:15:19
已经弄好了 也没有AB错了 TABLE也在里面 名称为A.TXT 要用写字板打开不要用记事本打开。
Alert level A
SYMM001_ALERT_1_A  _symmetry_cell_setting is missing
            The cell setting should be one of ...

您好,还是有7个A类错误啊,您复制的这一段不也是有A类错误的意思吗
做最最最简单的自己
7楼2015-11-30 09:25:45
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瘦,够了

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by beyond-han at 2015-11-30 09:25:45
您好,还是有7个A类错误啊,您复制的这一段不也是有A类错误的意思吗...

这些只是空间群什么的基础信息没填,你自己在CIF中填一下就好了,
8楼2015-11-30 13:23:47
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beyond-han

金虫 (著名写手)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 瘦,够了 at 2015-11-30 13:23:47
这些只是空间群什么的基础信息没填,你自己在CIF中填一下就好了,...

这个我不会啊,太难了
您多麻烦一下,帮我填上呗,我给您追加金币辛苦
做最最最简单的自己
9楼2015-11-30 14:34:16
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瘦,够了

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
9楼: Originally posted by beyond-han at 2015-11-30 14:34:16
这个我不会啊,太难了
您多麻烦一下,帮我填上呗,我给您追加金币辛苦...

好吧。。那你把我帮你解好的再发我一份,之前的被我删掉了。。。发我邮箱吧

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10楼2015-11-30 17:11:06
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