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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » [交流讨论]关于膜蛋白能量最小化的问题
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zhlrui

银虫 (小有名气)

[交流] [交流讨论]关于膜蛋白能量最小化的问题

[交流讨论]关于膜蛋白能量最小化的问题

请大家帮忙，非常感谢！
我的体系是由四部分的离子通道膜蛋白加DOPC双层膜组成，选择gromacs力场，进行能量最小化，也就是第一个mdrun时，有以下出错信息：
Range checking error:
Explanation: During neighborsearching, we assign each particle to a grid
based on its coordinates. If your system contains collisions or parameter
errors that give particles very high velocities you might end up with some
coordinates being +-Infinity or NaN (not-a-number). Obviously, we cannot
put these on a grid, so this is usually where we detect those errors.
Make sure your system is properly energy-minimized and that the potential
energy seems reasonable before trying again.

Variable ci has value -2147483648. It should have been within [ 0 .. 24389 ]
Please report this to the mailing list (gmx-users@gromacs.org)

怎么回事啊？
[search]膜蛋白 DOPC膜 gromacs[/search]
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为了理想而奋斗
1楼 2008-09-17 19:26:46
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zhlrui

银虫 (小有名气)

不能能量最小化

多谢大家！！！
我的体系在没有加膜的时候运行正常，md运行没有出错，加DOPC膜的时候是下载的，而且没有去掉下载的膜中的水分子，然后又加的水盒子，是否是水的问题呢？还有em.mdp会不会有问题呢？
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为了理想而奋斗
6楼2008-09-18 10:33:09
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weishenme

金虫 (小有名气)
你的体系是怎么构建的啊？
赞一下 回复此楼
2楼2008-09-17 21:13:52
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
★ ★ ★
gromacs(金币+3,VIP+0):谢谢sobereva
If initial structure have bad contact,it's easy to cause thus problem.U should check your structure carefully.
赞一下(10人) 回复此楼
3楼2008-09-17 21:34:41
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gromacs

银虫 (正式写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢
It is obvious that ur system does not well energy-minimized.
赞一下(10人) 回复此楼
"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
4楼2008-09-17 22:02:17
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