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【求助】amber中不能minimise的原因？
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在ambet8.0中，进行真空优化时能进行，但必须maxcyc和ncyc的值一样时才能进行，否则就会优化到一半是死掉，而且.out文件中显示 The system has extended beyond the extent of the virtual box. Restarting sander will recalculate a new virtual box with 30 Angstroms extra on each side, if there is a restart file for this configuration. SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f) Atom out of bounds. If a restart has been written, restarting should resolve the error 当我再加上水盒子和电荷而优化时一点都不能运行，直接就是 [0] MPI Abort by user Aborting program ! [0] Aborting program! p0_24637: p4_error: : 1 而且.out文件中没有优化步骤信息。很是奇怪啊。 我是新手，谁遇到过这样的问题，怎么解决的？请大家帮帮忙啊！ [ Last edited by lei0736 on 2008-9-18 at 08:34 ] |
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2楼2008-09-20 11:09:27