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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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zz422

铜虫 (小有名气)

[交流] 【求助】amber中不能minimise的原因?

在ambet8.0中,进行真空优化时能进行,但必须maxcyc和ncyc的值一样时才能进行,否则就会优化到一半是死掉,而且.out文件中显示
The system has extended beyond
     the extent of the virtual box.     
Restarting sander will recalculate   
    a new virtual box with 30 Angstroms
    extra on each side, if there is a
    restart file for this configuration.
SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f)
Atom out of bounds. If a restart has been written,
restarting should resolve the error


当我再加上水盒子和电荷而优化时一点都不能运行,直接就是
[0] MPI Abort by user Aborting program !
[0] Aborting program!
p0_24637:  p4_error: : 1
而且.out文件中没有优化步骤信息。很是奇怪啊。

我是新手,谁遇到过这样的问题,怎么解决的?请大家帮帮忙啊!

[ Last edited by lei0736 on 2008-9-18 at 08:34 ]
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zz422

铜虫 (小有名气)

原因找到了,在.out文件中我的NTYPE=61,而amber最多只能60。
2楼2008-09-20 11:09:27
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