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小力xiaoli

铜虫 (初入文坛)

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专业: 药物设计与药物信息

[求助] MOE全新药物分子设计，请赐教！

用MOE做全新药物设计，有些问题不太明白：1，在fragments模块的scaffold R replacement中，OK后弹出vectors of wrong length，为啥？而将scoring 改成NONE后又会有些片段生成。。。2， fragment模块是将数据库中保存的整个片段对接到口袋部位？还是有连接不同片段或具有生长的功能？ 3，另外，打开的蛋白配体复合物，其Electrostatic Map 显示的口袋的信息会根据不同的配体而变化吗？还是因为口袋有伸缩的功能或和配体相互作用后引起氨基酸位置等变化？HELP中的教程好像不全，各位有好的教程，望指教！

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开心做自己

1楼 2015-11-20 15:21:07

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小力xiaoli

铜虫 (初入文坛)

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差不多明白了

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开心做自己

2楼2015-12-07 10:07:29

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枫叶留殇

新虫 (正式写手)

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专业: 生物大分子结构与功能

引用回帖:

2楼: Originally posted by 小力xiaoli at 2015-12-07 10:07:29
差不多明白了

楼主，您好。最近我也刚开始学MOE，有几个问题想向您请教。我现在已经有了片段化合物与蛋白的复合物结构，我想对片段进行后续优化，不知道该怎么进行，烦请楼主赐教。
我的想法是：（1）直接在接触界面对分子添加Build，然后minize,找出能提高affinity的分子。这样盲目性比较大，而且我想知道添加Build模块后，软件会不会进行蛋白+化合物的整体能量计算？（2）利用compute里面的fragment板块，可以进行片段生长，这里我的问题是，如何让分子生长到口袋里去，而不是随机延伸。因为不专业，问的可能有问题。如果楼主有更好的建议或者操作方法，将不胜感激。期待您的回复。

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在冲往未来的道路上，我会全力以赴~~~

3楼2018-06-11 16:47:56

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