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xd200620940

铜虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】分子结构优化、能量最小化命令输入

我对gaussian计算不太了解，现在要做个分子的结构优化和能量优化，不知道该如何输入命令，准备用半经验PM3来做，请告诉我输入命令，谢谢！
另：做了优化后如何知道是分子结构已经是最低能量构象呢？

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1楼 2008-09-13 23:55:32

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spkeey

金虫 (正式写手)

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专业: 理论和计算化学

★ ★ ★ ★ ★
xd200620940(金币+3,VIP+0):谢谢！
zzgyb(金币+2,VIP+0):谢谢你的参与，欢迎再次光临计算模拟版！

%mem=600MB '你要求内存
%chk=pm3.chk 'chk文件名
%nproc=2          '使用CPU 数目  ，只有linex有效
#p pm3 opt       '任务参数 opt 结构优化

assfsfsfs             ‘任务名称

0 1                   ’总电荷自旋多重度，下面开始是分子坐标
O  0.001 0.002 0.003  X Y Z
H ...       ...    ...
N ...    ...       ...
...

=======================
输出看到一句格言，就表示正常结束。

PM3 能量在输出文件中显示如下（其后是偶极矩的x，y，z 分量）：
Energy= -.080731473251 NIter= 10.
Dipole moment= .000000 .000000 -.739540

========================
找最小，做个频率分析(如果算得动的话)。关键字 freq ，没有虚频即可

[ Last edited by spkeey on 2008-9-14 at 11:11 ]