24小时热门版块排行榜    

查看: 2842  |  回复: 15

zs806750658

铜虫 (正式写手)


[交流] 如何绘制原子轨迹图 已有5人参与

请问附图中的原子轨迹图是如何绘制的(附图)。我是用LAMMPS运行的分子动力学模拟,然后dump输出目标原子在运算过程中的坐标,然后用excel或origin将原子的横纵坐标分别设为x和y轴后,只能做出散点图,不知如何做出这样的“轨迹图”。请给予指导。
如何绘制原子轨迹图
原子轨迹图.jpg
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
3楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-13 15:11:29
楼主问下,你这个LAMMPS 学起来怎么样,是用fortune编程的吗?

对我而言学起来有些困难,我是地质学出身,物理化学基础相对薄弱。如果有人带的话学起来会容易很多。我不清楚是不是fortune编程,不过需要编写代码
6楼2015-11-14 00:18:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
10楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-14 09:16:10
难道楼主是自学的啊?...

肯定不是的啦,跟别人学的
11楼2015-11-17 23:17:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
9楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-14 09:14:07
看来咱们是一家啊,我是学石油开发的,我编程基础较差,学这个有点费劲...

是啊,所以有人带的话会容易一些
12楼2015-11-17 23:18:06
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

issp-hao

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by jiezhou5322 at 2015-11-13 15:11:29
楼主问下,你这个LAMMPS 学起来怎么样,是用fortune编程的吗?

lammps是c++编写的,开源软件包
15楼2015-11-18 10:28:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

李加伟

荣誉版主 (文坛精英)

不过凡人

优秀版主优秀版主

关注下
人生海海,在于内心
2楼2015-11-13 13:31:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
楼主问下,你这个LAMMPS 学起来怎么样,是用fortune编程的吗?
每个人只能陪你走一段路程
3楼2015-11-13 15:11:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ouyangyulou

银虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
你用vmd软件,就有轨迹图
创新、思路决定出路
4楼2015-11-13 19:17:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

luftf

木虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
origin直接画线就可以了啊
5楼2015-11-13 23:31:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by ouyangyulou at 2015-11-13 19:17:17
你用vmd软件,就有轨迹图

是吗,请问VMD能统计出氢键的个数吗
7楼2015-11-14 00:21:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by luftf at 2015-11-13 23:31:09
origin直接画线就可以了啊

好的,我试试,谢谢了
8楼2015-11-14 00:21:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-14 00:18:09
对我而言学起来有些困难,我是地质学出身,物理化学基础相对薄弱。如果有人带的话学起来会容易很多。我不清楚是不是fortune编程,不过需要编写代码...

看来咱们是一家啊,我是学石油开发的,我编程基础较差,学这个有点费劲
每个人只能陪你走一段路程
9楼2015-11-14 09:14:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiezhou5322

银虫 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
6楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-14 00:18:09
对我而言学起来有些困难,我是地质学出身,物理化学基础相对薄弱。如果有人带的话学起来会容易很多。我不清楚是不是fortune编程,不过需要编写代码...

难道楼主是自学的啊?
每个人只能陪你走一段路程
10楼2015-11-14 09:16:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zs806750658 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 k0dTPqJtl0jt 2026-08-14 5/250 2026-08-15 07:09 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +24 医学老男孩 2026-08-13 50/2500 2026-08-15 06:38 by 学员8dgXkO
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +11 Tide man 2026-08-10 12/600 2026-08-15 02:12 by home3163
[考研] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 HFw0lei2R37i 2026-08-14 7/350 2026-08-15 00:40 by 4wMiSEwB6436
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果? +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜? +5 Ldrop2023 2026-08-13 5/250 2026-08-14 18:48 by ssxclkj
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 我的国基提前知道中了,可是同事的操作让我实在接受不了,怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见,大家看看几个A,几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了,国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
信息提示
请填处理意见