应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » gromacs配体力场电荷的问题
11/1返回列表
查看: 929  |  回复: 0
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

kangsgo

新虫 (初入文坛)

[求助] gromacs配体力场电荷的问题

我先教程在线服务器PRODRG 2.5的方法建立的力场电荷文件如下：
引用回帖:
;   nr      type  resnr resid  atom  cgnr   charge     mass

     1       CH2     1  EVO     CAF     1    0.000  13.0190   

     2         C     1  EVO     CAE     2    0.023  12.0110   

     3        NR     1  EVO     NAC     2    0.043  14.0067   

     4         H     1  EVO     HAC     2   -0.066   1.0080   

     5         C     1  EVO     CAI     3    0.116  12.0110   

     6       CR1     1  EVO     CAP     3   -0.022  12.0110   

     7        HC     1  EVO     HAR     3    0.011   1.0080   

     8       CR1     1  EVO     CAU     3   -0.022  12.0110   

     9        HC     1  EVO     HAY     3    0.011   1.0080   

    10       CR1     1  EVO     CAT     3   -0.022  12.0110   

    11        HC     1  EVO     HAX     3    0.011   1.0080   

    12       CR1     1  EVO     CAO     3   -0.022  12.0110   

    13        HC     1  EVO     HAQ     3    0.011   1.0080   

    14         C     1  EVO     CAH     3   -0.036  12.0110   

    15         C     1  EVO     CAG     3   -0.036  12.0110   

    16       CH2     1  EVO     CAM     4    0.113  14.0270   

    17       CH1     1  EVO     CAN     4    0.112  14.0270   

    18        NL     1  EVO     NAB     4    0.773  14.0067   

    19        OA     1  EVO     OAA     4   -0.160  15.9994   

    20       CH2     1  EVO     CAJ     4    0.162  13.0190   

    21         C     1  EVO     CAL     5   -0.016  12.0110   

    22       CR1     1  EVO     CAR     5   -0.009  12.0110   

    23        HC     1  EVO     HAT     5    0.025   1.0080   

    24       CR1     1  EVO     CAW     6   -0.015  12.0110   

    25        HC     1  EVO     HA0     6    0.015   1.0080   

    26       CR1     1  EVO     CAV     6   -0.015  12.0110   

    27        HC     1  EVO     HAZ     6    0.015   1.0080   

    28       CR1     1  EVO     CAQ     7   -0.016  12.0110   

    29        HC     1  EVO     HAS     7    0.013   1.0080   

    30         C     1  EVO     CAK     7    0.145  12.0110   

    31        NL     1  EVO     NAD     7   -0.236  14.0067   

    32       CH3     1  EVO     CAS     7    0.094  15.0350

群里和教程说这个做出来不准，用ATB较好，于是我用它做了一个，如下：
引用回帖:
[ atoms ]
;  nr  type  resnr  resid  atom  cgnr  charge    mass    total_charge
    1    HC    1    SDSG    H13    1    0.089   1.0080
    2     C    1    SDSG    C15    1   -0.127  12.0110
    3    HC    1    SDSG    H11    1    0.089   1.0080
    4    HC    1    SDSG    H12    1    0.089   1.0080     ;  0.140
    5    NT    1    SDSG     N3    2   -0.530  14.0067
    6     C    1    SDSG     C2    2    0.710  12.0110
    7    HC    1    SDSG     H2    2    0.035   1.0080
    8     C    1    SDSG     C1    2   -0.239  12.0110
    9    NT    1    SDSG     N2    2   -0.437  14.0067
   10  HS14    1    SDSG     H1    2    0.364   1.0080
   11     C    1    SDSG     C3    2    0.097  12.0110     ; -0.000
   12     C    1    SDSG     C5    3    0.309  12.0110
   13     C    1    SDSG     C4    3   -0.122  12.0110
   14     C    1    SDSG    C12    3   -0.372  12.0110
   15    HC    1    SDSG     H8    3    0.185   1.0080     ;  0.000
   16     C    1    SDSG    C11    4   -0.139  12.0110
   17    HC    1    SDSG     H7    4    0.139   1.0080     ;  0.000
   18     C    1    SDSG    C16    5   -0.223  12.0110
   19    HC    1    SDSG    H14    5    0.171   1.0080
   20     C    1    SDSG    C17    5   -0.068  12.0110
   21    HC    1    SDSG    H15    5    0.120   1.0080     ;  0.000
   22     C    1    SDSG     C7    6    0.552  12.0110
   23     C    1    SDSG     C8    6   -0.355  12.0110
   24     C    1    SDSG    C13    6   -0.383  12.0110
   25    HC    1    SDSG     H9    6    0.186   1.0080     ;  0.000
   26     C    1    SDSG    C14    7   -0.023  12.0110
   27    HC    1    SDSG    H10    7    0.109   1.0080
   28     C    1    SDSG    C19    7   -0.216  12.0110
   29    HC    1    SDSG    H17    7    0.130   1.0080     ;  0.000
   30     C    1    SDSG    C18    8   -0.012  12.0110
   31    HC    1    SDSG    H16    8    0.149   1.0080     ;  0.137
   32    NT    1    SDSG     N1    9   -0.560  14.0067
   33     C    1    SDSG     C6    9    0.704  12.0110
   34     O    1    SDSG     O1    9   -0.589  15.9994
   35     C    1    SDSG    C10    9   -0.019  12.0110
   36    HC    1    SDSG     H5    9    0.079   1.0080
   37    HC    1    SDSG     H6    9    0.108   1.0080     ; -0.277
   38     C    1    SDSG     C9   10   -0.188  12.0110
   39    HC    1    SDSG     H3   10    0.096   1.0080
   40    HC    1    SDSG     H4   10    0.092   1.0080     ;  0.000
; total charge of the molecule:  -0.000

但是它为何有两个的原子数都不相同·····所以我又用gaussian和ambertools做了一下resp，电荷如下：
引用回帖:
1  DUMM  DU    M    0  -1  -2     0.000      .0        .0      .00000
2  DUMM  DU    M    1   0  -1     1.449      .0        .0      .00000
3  DUMM  DU    M    2   1   0     1.523   111.21       .0      .00000
4  C18   ca    M    3   2   1     1.540   111.208  -180.000 -0.055157
5  C19   ca    B    4   3   2     1.386    85.241   142.707 -0.250863
6  C14   ca    B    5   4   3     1.382   118.685   127.363 -0.013132
7  C8    ca    S    6   5   4     1.388   120.843     0.144 -0.295655
8  C6    c     S    7   6   5     1.484   118.878  -177.881  0.775848
9  O1    o     E    8   7   6     1.202   122.075     1.441 -0.589377
10  H10   ha    E    6   5   4     1.073   121.147  -179.133  0.138140
11  H17   ha    E    5   4   3     1.075   120.678   -52.361  0.151555
12  H16   ha    E    4   3   2     1.076    61.050    14.700  0.143398
13  C13   ca    M    4   3   2     1.383   124.432   -92.009 -0.348872
14  H9    ha    E   13   4   3     1.072   119.445    73.243  0.169709
15  C7    ca    M   13   4   3     1.397   119.914  -107.315  0.407232
16  N3    nh    M   15  13   4     1.380   122.608   178.980 -0.314454
17  C15   c3    3   16  15  13     1.443   121.147   -10.183 -0.164667
18  H11   h1    E   17  16  15     1.081   109.161  -168.263  0.088033
19  H12   h1    E   17  16  15     1.083   110.363   -49.702  0.088033
20  H13   h1    E   17  16  15     1.089   113.402    71.436  0.088033
21  C2    c3    M   16  15  13     1.440   119.011   159.869  0.137290
22  H2    h2    E   21  16  15     1.083   106.205   157.152  0.153836
23  N1    n     M   21  16  15     1.454   111.980    41.122 -0.499094
24  C10   c3    M   23  21  16     1.462   112.625   176.392  0.087076
25  H5    h1    E   24  23  21     1.085   107.153   -53.056  0.061913
26  H6    h1    E   24  23  21     1.077   108.409  -169.658  0.061913
27  C9    c3    M   24  23  21     1.537   111.448    67.415 -0.224694
28  H3    hc    E   27  24  23     1.087   109.239  -162.305  0.111802
29  H4    hc    E   27  24  23     1.086   109.717    80.840  0.111802
30  C3    cd    M   27  24  23     1.505   109.472   -40.598 -0.034776
31  C1    cc    M   30  27  24     1.347   123.077    10.717  0.145019
32  N2    na    M   31  30  27     1.378   110.755  -177.270 -0.671235
33  H1    hn    E   32  31  30     0.993   124.025  -160.962  0.437444
34  C5    ca    M   32  31  30     1.377   107.985    -3.570  0.344809
35  C4    ca    M   34  32  31     1.401   108.072     3.182 -0.053032
36  C11   ca    M   35  34  32     1.397   119.313   178.515 -0.134838
37  H7    ha    E   36  35  34     1.075   120.594  -179.623  0.143002
38  C16   ca    M   36  35  34     1.377   118.987     0.732 -0.233578
39  H14   ha    E   38  36  35     1.076   119.885   179.756  0.152162
40  C17   ca    M   38  36  35     1.402   120.836    -0.091 -0.098966
41  H15   ha    E   40  38  36     1.075   119.352   179.829  0.139658
42  C12   ca    M   40  38  36     1.377   121.238    -0.370 -0.326357
43  H8    ha    E   42  40  38     1.076   121.084  -179.649  0.171039

所以我有点迷茫了···我应该如何将其后面生成的电荷给转入进去呀？
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2015-11-11 23:11:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 kangsgo 的主题更新
11/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的？ +15 爱看书的可乐 2026-08-26 17/850 2026-08-27 22:18 by xxniao123
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +8 Kittylucky 2026-08-27 8/400 2026-08-27 18:33 by raiy123
[基金申请] 申请删除本帖 +6 lyz123lyz 2026-08-27 7/350 2026-08-27 17:31 by 宁静致远sy
[基金申请] 基金不中，共勉 +10 eulota 2026-08-26 10/500 2026-08-27 17:23 by lqllinqiaoli
[基金申请] 怎么看青基中了没有啊 +5 叶九微 2026-08-26 5/250 2026-08-27 10:35 by l_zh2008
[文学芳草园] 梦想 +3 myrtle 2026-08-26 3/150 2026-08-27 10:01 by angelyueyi
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 LIbGuocjEEYw 2026-08-26 4/200 2026-08-27 02:01 by Ie9AyIAvGbvs
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +9 炎黄贵胄 2026-08-22 10/500 2026-08-26 15:40 by semaglutide
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +22 羊腰板 2026-08-21 25/1250 2026-08-26 15:00 by zuocuiping
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件，有关系吗？ +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 哪位高人中了，把查询到的截图贴出来让我看看，让我长长见识 +4 yuleib84 2026-08-26 5/250 2026-08-26 13:40 by yuleib84
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 国合现在查不到了吗？ +10 chengyan1220 2026-08-24 20/1000 2026-08-26 08:57 by peasantsprig
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭