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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS画分子结构
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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)

[求助] MS画分子结构

我在MS中画的分子结构式，保存成cif文件，再用其他软件打开时，分子成键会发生改变，有的甚至不按照规律，比如N只连了两个键，S连了三个键，求问各位大神这是什么原因？该如何调整？是因为分子本身结构就不对吗？

如果是的话，有没有什么软件可以检测我画的分子结构是否有正确呢？

谢谢！
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1楼 2015-11-10 09:33:05
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
cif文件本身不保存原子间成键信息，而不同软件有不同的默认键连接方式，所以同一个cif不同软件打开来可能看到的不一样，用什么软件打开就要在那个软件里重新修改成键方式
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-11-10 10:09:36
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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-10 10:09:36
cif文件本身不保存原子间成键信息，而不同软件有不同的默认键连接方式，所以同一个cif不同软件打开来可能看到的不一样，用什么软件打开就要在那个软件里重新修改成键方式

请问要怎么修改软件的成键方式呢？

我是用avogadro打开cif文件的，除了这个，有没有其他可以打开cif文件的软件呢？
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3楼2015-11-10 10:30:03
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小雏人的未知 at 2015-11-10 10:30:03
请问要怎么修改软件的成键方式呢？

我是用avogadro打开cif文件的，除了这个，有没有其他可以打开cif文件的软件呢？...

avogadro我不清楚怎么用
如果你的后续模拟都是在avogadro做，那么只能在avogadro里修改
能打开cif的软件很多，MS、crystalmaker等等，但只要导出的还是cif格式，那么还是没法保存成键信息
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4楼2015-11-10 11:05:33
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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-10 11:05:33
avogadro我不清楚怎么用
如果你的后续模拟都是在avogadro做，那么只能在avogadro里修改
能打开cif的软件很多，MS、crystalmaker等等，但只要导出的还是cif格式，那么还是没法保存成键信息...

嗯嗯，谢谢大神！

那如果后期用vasp做模拟呢？需要改改成键信息吗？
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5楼2015-11-10 11:09:37
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
5楼: Originally posted by 小雏人的未知 at 2015-11-10 11:09:37
嗯嗯，谢谢大神！

那如果后期用vasp做模拟呢？需要改改成键信息吗？...

vasp好像不是基于力场的模拟，可能成键无所谓，你可以去第一性原理版块问问
http://muchong.com/bbs/forumdisplay.php?fid=291
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6楼2015-11-10 11:14:27
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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
6楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-10 11:14:27
vasp好像不是基于力场的模拟，可能成键无所谓，你可以去第一性原理版块问问
http://muchong.com/bbs/forumdisplay.php?fid=291...

好的！灰常感谢！
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7楼2015-11-10 14:11:23
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WP沙罗

新虫 (小有名气)
你好，请问你画的分子结构是二维的还是三维的啊？为什么我画的都是三维的啊，你知道怎样画二维结构吗？谢谢亲，初学者需要您的帮忙
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8楼2016-05-17 17:34:33
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