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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)

[求助] MS画分子结构

我在MS中画的分子结构式,保存成cif文件,再用其他软件打开时,分子成键会发生改变,有的甚至不按照规律,比如N只连了两个键,S连了三个键,求问各位大神这是什么原因?该如何调整?是因为分子本身结构就不对吗?

如果是的话,有没有什么软件可以检测我画的分子结构是否有正确呢?

谢谢!
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想要有发言权,就要拿到这个时代的话语权
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

引用回帖:
3楼: Originally posted by 小雏人的未知 at 2015-11-10 10:30:03
请问要怎么修改软件的成键方式呢?

我是用avogadro打开cif文件的,除了这个,有没有其他可以打开cif文件的软件呢?...

avogadro我不清楚怎么用
如果你的后续模拟都是在avogadro做,那么只能在avogadro里修改
能打开cif的软件很多,MS、crystalmaker等等,但只要导出的还是cif格式,那么还是没法保存成键信息
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2015-11-10 11:05:33
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

cif文件本身不保存原子间成键信息,而不同软件有不同的默认键连接方式,所以同一个cif不同软件打开来可能看到的不一样,用什么软件打开就要在那个软件里重新修改成键方式
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2015-11-10 10:09:36
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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-10 10:09:36
cif文件本身不保存原子间成键信息,而不同软件有不同的默认键连接方式,所以同一个cif不同软件打开来可能看到的不一样,用什么软件打开就要在那个软件里重新修改成键方式

请问要怎么修改软件的成键方式呢?

我是用avogadro打开cif文件的,除了这个,有没有其他可以打开cif文件的软件呢?
想要有发言权,就要拿到这个时代的话语权
3楼2015-11-10 10:30:03
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小雏人的未知

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2015-11-10 11:05:33
avogadro我不清楚怎么用
如果你的后续模拟都是在avogadro做,那么只能在avogadro里修改
能打开cif的软件很多,MS、crystalmaker等等,但只要导出的还是cif格式,那么还是没法保存成键信息...

嗯嗯,谢谢大神!

那如果后期用vasp做模拟呢?需要改改成键信息吗?
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5楼2015-11-10 11:09:37
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