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bihailantian

金虫 (初入文坛)

[交流] 急!急!急!!!出现了一个多月的克隆和转化问题,请大家帮帮忙!

1.目的片断1.6k,8月上旬可任意扩增出来,近一个月在同样的体系.程序在同一台PCR仪的的情况下,扩不出目的片断(已经换过新的酶,dNTP,引物等)但是会出现非特异条带,且片断一般在700-1100左右。问题可能出在哪里?(这个问题在前面发的一个帖子里有)

2.用8月初回收的目标片断(1.6k)进行连接(宝生的PMD18-T和solution I)-转化(热激法)- 涂板(氨苄抗性的LB培养基),37度培养过夜。
随后M13为引物做菌液PCR,看不到目的条带。但对同一个菌落-摇菌-提质粒-双酶切检测,部分菌落呈阳性。为什么菌液PCR检测不到已经转进去的片断?送去几批样品测序也总是失败,公司说没有信号。(7月底测过一次,序列是正确的。)

3.最近一个周克隆一个1.4k,也扩不出来。(8月上旬都可克隆出),现在模板,引物,酶,dNTP,水等都换了新的,并且换到别的实验室做过也没有出来。今天相同的样品放在2个PCR仪里面,居然都是克隆出的200bp,500bp的两条带,为什么,这两个基因突然克隆不出?这两个基因持续克隆不出来都一个月了,实在想不出原因,请大家帮帮忙把。

[ Last edited by bihailantian on 2008-9-12 at 11:18 ]
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bihailantian

金虫 (初入文坛)

to 五楼xipha  :

1、2、3、dNTP和酶是同一个厂家的么?如果不是,有可能扩不出来特异带或降低效率。也可能是10*Buffer坏了,建议换新的。:(是一个厂家的,并且重新换过新的了)
无论如何,根据陈述,应该是PCR体系出问题的可能性最大。(正在思考中)
建议做一个1.5kb左右的一定能扩出来的阳性PCR以确定是否如此。
2、既然PCR体系失败,当然扩不出来,双酶切的可能是杂带
9楼2008-09-12 11:34:37
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zhouyj

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
bihailantian(金币+4,VIP+0):问题尚未解决,但谢谢您的建议
1、可能是模板问题,模板反复冻隆有时候可能是降解,你可以试试换新的模板,稍微提高一下退火温度,万一不行就切胶回收吧
2、如果菌落PCR程序没问题的话,就想不出原因啦,我曾经也出现过,只能重心连接转化了。
3、同样检查模板,引物是否有问题,如果两个基因是用同一模板扩不出来的话,模板出问题可能性最大
有朋友们的支持,在学术道路上才不会寂寞
2楼2008-09-11 18:16:55
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snzydong

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
bihailantian(金币+1,VIP+0):特异引物PCR也做了,依旧不行。但谢谢您的建议。
bihailantian(金币+3,VIP+0):特异引物菌液PCR已做,依旧没有结果,谢谢您的建议
用基因特异性引物做菌液PCR检测 看看
可能就是模板出现的问题 看一下模板的量 不要太大
3楼2008-09-11 19:16:24
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yelitao1983

银虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
bihailantian(金币+4,VIP+0):水换了,加样地点也换了,还是没有解决问题,模版是DNA,谢谢您的回复
答1:扩出非特异性带极有可能是水有问题,重新换水在超净台内做PCR.
答2:菌液PCR本身就是一种极有可能失败的方法,建议做质粒PCR.
答3:极有可能是模板有问题,可能你的模板已经不是阳性克隆了!
4楼2008-09-11 19:46:52
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