| 查看: 1059 | 回复: 3 | |||
[求助]
急求，1.lammps中计算分子线的问题；2.是否以在计算过程中，改变原子的属性，如电荷。
|
|
请问，1.用lammps模拟一个分子晶体，boundary p p p 用npt; 然后，试图在x,y,方向上增加真空层，形成纳米线，用nvt 再算，可是总是提示“ERROR on proc 0: Bond atoms 1457 1479 missing on proc 0 at step 84 (../neigh_bond.cpp:65)”，这是不是因为change_box 之后，原子坐标不是unwrap的,导致键过长的原因。请问高人该如何实现这个过模拟。 2.在计算的过程中可否改变原子的属性，如电荷等。 请高手指点。 |
回复此楼» 猜你喜欢
药学305求调剂
已经有6人回复
-
求调剂学校
已经有12人回复
-
山东省基金2026
已经有8人回复
-
求助调剂，跨调
已经有19人回复
-
085400电子信息类（川大控制工程）求调剂可跨专业 求老师联系
已经有5人回复
-
材料工程281还有调剂机会吗
已经有41人回复
-
求调剂
已经有13人回复
-
290调剂生物0860
已经有35人回复
-
一志愿鲁东大学071000生物学学硕初试分数276求调剂
已经有30人回复
-
327求调剂
已经有25人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
问题1中，换一种表述是这样的：如果在npt->nvt->npt->nvt……的过程中，在npt之后，用change_box 命令改变了box的大小，那接下来的nvt就会出错： ERROR on proc 0: Bond atoms 1457 1479 missing on proc 0 at step 84 (../neigh_bond.cpp:65) …… 这怎么解决？ 似乎是因为npt时部分原子穿过边界，由于周期性边界条件，原子跑去另一边了。如果这里加大了box然后nvt的话，穿越边界的键就相当于被拉长了，所以导致系统崩溃。然后，有没有一个类似于unwrap的命令，把穿过边界的原子放回来，然后再change_box？请高手指点 |
2楼2015-11-04 12:59:31
809011916
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 316.4
- 帖子: 55
- 在线: 42.3小时
- 虫号: 1501800
- 注册: 2011-11-20
- 性别: GG
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2016-02-05 03:13:49
4楼2016-09-12 23:11:57
