| 查看: 1170 | 回复: 3 | ||
[求助]
急求，1.lammps中计算分子线的问题；2.是否以在计算过程中，改变原子的属性，如电荷。
|
|
请问，1.用lammps模拟一个分子晶体，boundary p p p 用npt; 然后，试图在x,y,方向上增加真空层，形成纳米线，用nvt 再算，可是总是提示“ERROR on proc 0: Bond atoms 1457 1479 missing on proc 0 at step 84 (../neigh_bond.cpp:65)”，这是不是因为change_box 之后，原子坐标不是unwrap的,导致键过长的原因。请问高人该如何实现这个过模拟。 2.在计算的过程中可否改变原子的属性，如电荷等。 请高手指点。 |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有18人回复
-
有没有仍没收到信息的
已经有3人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有8人回复
-
基金不中，共勉
已经有11人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有9人回复
-
2026年叶企孙基金
已经有6人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有13人回复
-
基金系统什么内容也没有
已经有9人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有11人回复
-
怎么查啊
已经有6人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
|
问题1中，换一种表述是这样的：如果在npt->nvt->npt->nvt……的过程中，在npt之后，用change_box 命令改变了box的大小，那接下来的nvt就会出错： ERROR on proc 0: Bond atoms 1457 1479 missing on proc 0 at step 84 (../neigh_bond.cpp:65) …… 这怎么解决？ 似乎是因为npt时部分原子穿过边界，由于周期性边界条件，原子跑去另一边了。如果这里加大了box然后nvt的话，穿越边界的键就相当于被拉长了，所以导致系统崩溃。然后，有没有一个类似于unwrap的命令，把穿过边界的原子放回来，然后再change_box？请高手指点 |
2楼2015-11-04 12:59:31
809011916
铜虫 (小有名气)
- 应助: 1 (幼儿园)
- 金币: 316.4
- 帖子: 55
- 在线: 42.3小时
- 虫号: 1501800
- 注册: 2011-11-20
- 性别: GG
- 专业: 化工热力学和基础数据
3楼2016-02-05 03:13:49
4楼2016-09-12 23:11:57
投票:
30