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急求，1.lammps中计算分子线的问题；2.是否以在计算过程中，改变原子的属性，如电荷。
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请问，1.用lammps模拟一个分子晶体，boundary p p p 用npt; 然后，试图在x,y,方向上增加真空层，形成纳米线，用nvt 再算，可是总是提示“ERROR on proc 0: Bond atoms 1457 1479 missing on proc 0 at step 84 (../neigh_bond.cpp:65)”，这是不是因为change_box 之后，原子坐标不是unwrap的,导致键过长的原因。请问高人该如何实现这个过模拟。 2.在计算的过程中可否改变原子的属性，如电荷等。 请高手指点。 |
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问题1中，换一种表述是这样的：如果在npt->nvt->npt->nvt……的过程中，在npt之后，用change_box 命令改变了box的大小，那接下来的nvt就会出错： ERROR on proc 0: Bond atoms 1457 1479 missing on proc 0 at step 84 (../neigh_bond.cpp:65) …… 这怎么解决？ 似乎是因为npt时部分原子穿过边界，由于周期性边界条件，原子跑去另一边了。如果这里加大了box然后nvt的话，穿越边界的键就相当于被拉长了，所以导致系统崩溃。然后，有没有一个类似于unwrap的命令，把穿过边界的原子放回来，然后再change_box？请高手指点 |
2楼2015-11-04 12:59:31
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