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有关microRNA的问题
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| 各位大神知道怎么在targetscan上如何预测某一个microRNA的靶基因？步骤越详细越好，谢谢各位了。 |
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3楼2015-10-28 20:19:15
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现在的TargetScan程序可以主要分三部分组成： ①主要思想是说在multiple alignment file 上寻找保守的seed match 序列可以找到functional miRNA target. 参考文献：Conserved Seed Pairing, Often Flanked by Adenosines, Indicates that Thousands of Human Genes are MicroRNA Targets seed match: reverse complimentary to miRNA Seed region, 2-7nt in miRNA 5' end, TargetScan 用multiple alignment file作为input, 寻找保守的seed match 序列, 主要考虑三种seed match的类型：7mer-1a（match seed, 而且UTR上与miRNA 1nt match的位置是A）,7mer-m8（match miRNA 2-8nt）, 8mer(match miRNA 2-8, 而且UTR上与miRNA 1nt match的位置是A). ②很多1.找到的target不一定会有功能，而且有很多不保守的seed match区域找到了一些有功能的miRNA target site. TargetScan根据这个想法，提出seed match周围的序列会对miRNA target的功能产生影响，所以引入了context score这个概念，主要包括site type contribution(8mer>7mer-m8>7mer-1a),3'paring contribution (有文献报道除了与miRNA seed 区域配对，与miRNA12-16nt的配对也有可能对miRNA target的功能产生影响),local AU contribution(AU rich 的区域更有可能有功能)，position contribution(他们认为miRNA target的位置需要和stop coden至少有15nt的距离，而且有功能的site更有可能位于UTR的两端而不是中间，可能是因为较长UTR的中间区域有可能会形成较复杂的二级结构，影响target site accessibility, 从而影响其功能).具体cutoff参考： MicroRNA Targeting Specificity in Mammals: Determinants beyond Seed Pairing，考虑context以后，对于很多不保守的seed match region,同样可以计算相应的context score, 对保守和不保守的位点分别进行context的排序，排名靠前的(比如context score percentile > 90)是他们认为比较有可能具有功能的miRNA靶点 ③Pct值的引入，参考文献：Most Mammalian mRNAs Are Conserved Targets of MicroRNAs。 主要是细化了保守型的计算，对不同的UTR分别计算其保守性 总体上说 感觉你的预测出的结果是个比较有可能的靶点， 但关预测没法保证你这个位点的功能， 最终还是需要实验的验证 |
2楼2015-10-28 20:15:47
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