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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 【求助】如何得到一个分子的SDF？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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suny2005

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】如何得到一个分子的SDF？

我在gromacs中模拟了一个水的体系，想做一个spatial distribution function,用了如下命令。

1 先产生一个index文件，把体系中所有的HW1 OW HW2分别定义成一组

2 g_sdf -f .trr -s .tpr -n .ndx -o .dat -r .gro

可是我发现用上面的命令产生的gro文件中的结构总是不正确，而用动力学完成后得到的gro文件，总是得到许多分子中的一个分子上有SDF。怎样能得到一个分子的SDF呢？请指教。

[ Last edited by suny2005 on 2008-9-9 at 09:07 ]
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1楼 2008-09-09 08:27:18
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tpp001

金虫 (著名写手)
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迷茫在知识的海洋里，需要你的指导。thankyou
2楼2008-09-09 16:32:13
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gromacs

银虫 (正式写手)
gmx自带的程序问题很多，建议你自己编程计算
赞一下 回复此楼
"I was taught at school that you should never start a sentence without knowing the end of it." GROMACS讨论区：http://www.mdbbs.org/forum-39-1.html
3楼2008-09-09 17:53:03
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