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【求助】如何得到一个分子的SDF？
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我在gromacs中模拟了一个水的体系，想做一个spatial distribution function,用了如下命令。 1 先产生一个index文件，把体系中所有的HW1 OW HW2分别定义成一组 2 g_sdf -f .trr -s .tpr -n .ndx -o .dat -r .gro 可是我发现用上面的命令产生的gro文件中的结构总是不正确，而用动力学完成后得到的gro文件，总是得到许多分子中的一个分子上有SDF。怎样能得到一个分子的SDF呢？请指教。 [ Last edited by suny2005 on 2008-9-9 at 09:07 ] |
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