| 查看: 2434 | 回复: 4 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
zhxixik铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
MS里建盒子，build layers问题 已有1人参与
|
|
|
初学MS，构建一个200个水分子，5个表面活性剂分子，10个油分子的体系。分别建立盒子后，用buil layer命令进行组合。然后进行动力学计算。现在碰到这样几个困惑。 （1）三个盒子，如果初始结构在display style里的lattice选项里选择default，则用build layer将三个盒子组合后，盒子密度很小，而且盒子长度并非上述三个盒子的加和见图1； （2）三个盒子，如果初始结构在display style里的lattice选项里选择in cell，则用build layer将三个盒子组合后，盒子长度为上述三个盒子的加和，但是会出现断键和游离的原子。我大概理解因为这是周期性盒子的原因导致的，但是经过动力学计算后，在分析时，比如要分析水的浓度分布，则应该把盒子中的水分子全部选择为一个set，但是因为这些由于切断而游离的原子，比如图2中的单个氢原子，应该怎么处理？ （3）还想再求助一下，像图4里的这种五个layer的界面结构，如何用build layer来建盒子? MS新手，请指教，不胜感激。  1.png  2.png  3.png  4.png |
回复此楼» 猜你喜欢
咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否
已经有26人回复
-
哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？
已经有8人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有16人回复
-
欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律
已经有70人回复
-
有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验）
已经有12人回复
-
招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师
已经有3人回复
-
时间戳又变了8-15
已经有23人回复
-
filecode=后面第一个是大写字母
已经有7人回复
-
filecode
已经有12人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有13人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
jiezhou5322
银虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2072.4
- 散金: 5
- 红花: 1
- 帖子: 390
- 在线: 332.6小时
- 虫号: 3093434
- 注册: 2014-03-27
- 专业: 岩土力学与岩土工程
4楼2015-12-13 12:29:28
jiezhou5322
银虫 (正式写手)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 2072.4
- 散金: 5
- 红花: 1
- 帖子: 390
- 在线: 332.6小时
- 虫号: 3093434
- 注册: 2014-03-27
- 专业: 岩土力学与岩土工程
2楼2015-10-26 20:46:24
牛犊小子
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 8786.5
- 散金: 275
- 红花: 1
- 帖子: 1165
- 在线: 169.9小时
- 虫号: 2659995
- 注册: 2013-09-16
- 性别: GG
- 专业: 传热传质学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zhxixik: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 谢谢应助 2015-11-05 16:52:04
zhxixik: 金币+50, ★★★★★最佳答案, 谢谢应助 2015-11-05 16:52:04
|
1.我认为在最初始的三个模型，AC建模的时候，需要确保密度设定的正确；在build layer有个layer details选项，里面可以调节距离 2.在分析浓度分布时，MS计算的体积应该是盒子的体积，也就是说只有盒子里面的才可以作为分析的set，所以依旧是我认为，盒子外因为PBC而“游离”的原子就不用设定为set |
3楼2015-11-05 16:43:24
zhaoyan515
银虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1052.6
- 帖子: 19
- 在线: 4.5小时
- 虫号: 3460533
- 注册: 2014-10-08
- 性别: GG
- 专业: 人工晶体
5楼2015-12-14 08:22:56
