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zhxixik铁杆木虫 (著名写手)
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MS里建盒子，build layers问题 已有1人参与
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初学MS，构建一个200个水分子，5个表面活性剂分子，10个油分子的体系。分别建立盒子后，用buil layer命令进行组合。然后进行动力学计算。现在碰到这样几个困惑。 （1）三个盒子，如果初始结构在display style里的lattice选项里选择default，则用build layer将三个盒子组合后，盒子密度很小，而且盒子长度并非上述三个盒子的加和见图1； （2）三个盒子，如果初始结构在display style里的lattice选项里选择in cell，则用build layer将三个盒子组合后，盒子长度为上述三个盒子的加和，但是会出现断键和游离的原子。我大概理解因为这是周期性盒子的原因导致的，但是经过动力学计算后，在分析时，比如要分析水的浓度分布，则应该把盒子中的水分子全部选择为一个set，但是因为这些由于切断而游离的原子，比如图2中的单个氢原子，应该怎么处理？ （3）还想再求助一下，像图4里的这种五个layer的界面结构，如何用build layer来建盒子? MS新手，请指教，不胜感激。  1.png  2.png  3.png  4.png |
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1.我认为在最初始的三个模型，AC建模的时候，需要确保密度设定的正确；在build layer有个layer details选项，里面可以调节距离 2.在分析浓度分布时，MS计算的体积应该是盒子的体积，也就是说只有盒子里面的才可以作为分析的set，所以依旧是我认为，盒子外因为PBC而“游离”的原子就不用设定为set |
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