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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 用findit找到了x相晶包，导入ms中出错？？
北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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gaven0728

新虫 (小有名气)

[求助] 用findit找到了x相晶包，导入ms中出错？？ 已有1人参与

如题，首先用findit软件找到了我要的x相（Cr6Fe8Mo5），明显存在3种原子，如图1所示，然后将其保存为*.cif格式，再导入到ms中，结果显示只有Mo和Fe原子，Cr原子不见了，如图2所示。不知道怎么回事？后来想根据findit生成的txt文本中的晶格参数来自己建立晶包，但是发现原子坐标看不懂？求大神指导怎么看这个坐标，最好再帮忙用ms建个晶包。
下面是findit生成的txt文件信息。
*data for   ICSD #102758
CopyRight   ?2009 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
            Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
Coll Code   102758
Rec  Date   2004/10/01
Chem Name   Chromium Iron Molybdenum (6/18/5)
Structured  Cr6 Fe18 Mo5
Sum         Cr6 Fe18 Mo5
ANX         N5O24
D(calc)     8.41
Title       The ordering of atoms in the chi-phase of the Fe-Cr-Mo system
Author(s)   Kasper, J.S.
Reference   Acta Metallurgica
            (1954), 2, 456-461
Unit Cell   8.92 8.92 8.92 90. 90. 90.
Vol         709.73
Z           2
Space Group I -4 3 m
SG Number   217
Cryst Sys   cubic
Pearson     cI58
Wyckoff     g2 c a
R Value     .06
Red Cell    I  7.724 7.724 7.724 109.471 109.471 109.471 354.866
Trans Red   0.500 0.500 -0.500 / -0.500 0.500 0.500 / 0.500 -0.500 0.500
Comments    Neutron diffraction (powder)
            The structure has been assigned a PDF number (calculated
            powder diffraction data): 01-071-7541
            Structure type : Mn(cI58)
            At least one temperature factor missing in the paper.
Atom  #   OX   SITE      x           y           z           SOF      H
Cr   1  +0    24 g  0.356       0.356       0.042          0.375      0   
Fe   1  +0    24 g  0.356       0.356       0.042          0.625      0   
Cr   2  +0    24 g  0.089       0.089       0.278          0.125      0   
Fe   2  +0    24 g  0.089       0.089       0.278          0.875      0   
Mo   1  +0    2 a   0           0           0              1.         0   
Mo   2  +0    8 c   0.317       0.317       0.317          1.         0   
*end for    ICSD #102758

用findit找到了x相晶包，导入ms中出错？？
1.jpg


用findit找到了x相晶包，导入ms中出错？？-1
2.jpg
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1楼 2015-10-22 21:52:30
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gaven0728

新虫 (小有名气)
没人哇，自己顶下

发自小木虫IOS客户端
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2楼2015-10-23 10:39:05
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-10-24 08:38:41
引用回帖:
2楼: Originally posted by gaven0728 at 2015-10-23 10:39:05
没人哇，自己顶下

x,y,z对应那三列就是坐标，直接在MS里面添加就行。或者可以试一试先把cif导入vesta，再导出为新的cif，再导入MS，多半就没问题了。
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3楼2015-10-23 10:51:17
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一苇所如

新虫 (正式写手)
Sof不等1,表示该亚晶格不被该原子全部占有，是几个原子共同占据 ，这需要倒入后变换

发自小木虫Android客户端
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4楼2015-10-23 11:35:59
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gaven0728

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by xxxxxxxfc at 2015-10-23 10:51:17
x,y,z对应那三列就是坐标，直接在MS里面添加就行。或者可以试一试先把cif导入vesta，再导出为新的cif，再导入MS，多半就没问题了。...

Fe和Cr的x,y,z坐标一样，区分不了。导入vesta后也无法区分。
用findit找到了x相晶包，导入ms中出错？？-2
3.jpg
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5楼2015-10-23 17:02:26
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gaven0728

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 一苇所如 at 2015-10-23 11:35:59
Sof不等1,表示该亚晶格不被该原子全部占有，是几个原子共同占据 ，这需要倒入后变换

sof不等1,表示这个位子Fe和Cr都有可能占据，这个我知道。你说的需要导入后变换是怎么意思，怎么操作？？我主要是做实验的，想拿ms算个几个参数，刚弄1个礼拜，所以麻烦解释详细点。非常感谢！！
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6楼2015-10-23 17:05:55
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一苇所如

新虫 (正式写手)
你最好不要直接倒入，自己建就知道这么回事了

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7楼2015-10-24 00:33:47
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anmin0127

至尊木虫 (知名作家)
可能不是周期性结构吧

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8楼2015-10-24 00:37:18
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gaven0728

新虫 (小有名气)
自己建立的话，fe和cr的x，y，z一样，没法建立。我倒入后仔细看了下，fe和cr是混合原子，有百分比。对于这种混合原子的情况在后面结构优化及energy计算时应该怎么考虑呢？

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9楼2015-10-24 13:28:20
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xxxxxxxfc

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2015-11-23 08:20:13
引用回帖:
5楼: Originally posted by gaven0728 at 2015-10-23 17:02:26
Fe和Cr的x,y,z坐标一样，区分不了。导入vesta后也无法区分。

3.jpg
...

那就导入MS后，再自己修改
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10楼2015-10-26 08:39:32
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