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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建
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BlueGuy

荣誉版主 (正式写手)

懒懒的小虫虫

[交流] 生物信息学专题－生物版，医学版和信息科学版共同创建 已有2人参与

为进一步建好小木虫的专业学科版，现由生物版、医学版和信息科学版共同创建生物信息学专题，欢迎大家积极参与！
引用回帖:

友情链接：生物版硕博研究生入学考试专题！重金悬赏！更新中......
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=95236&fpage=2

[ Last edited by fishery on 2005-6-16 at 21:05 ]
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1楼 2005-06-07 16:19:29
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geq

金虫 (小有名气)

1

★ ★ ★ ★ ★
BlueGuy(金币+5):谢谢，欢迎新虫参与！奖5个金币！
基因组信息分析
1．基因组序列信息的提取和分析
dbEST  （http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html）；
UniGene（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entr ... arch&DB=unigene）；
Transcription factor database
（http://transfac.gdb.de/TRANSFAC/) .

基因组信息分析
2．功能基因组相关信息分析
NCBI（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）
Entrez（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez）
OMIM(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=OMIM)
蛋白质组学相关信息分析
SWISS-2DPAGE （http://us.expasy.org/ch2d/）;
SIENA-2DPAGE（http://www.bio-mol.unisi.it/2d/2d.html）
Human 2D-PAGE Databases（http://proteomics.cancer.dk/）
PROSITE（http://us.expasy.org/prosite/）
PRINTS（http://bioinf.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/）
Pfam（http:// www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/）
Blocks(http:// www.blocks.fhcrc.org/)
SWISS-PROT蛋白质序列库(http://us.expasy.org/sprot/)
大分子结构模拟和药物设计生物信息分析
PDB (http://www.rcsb.org/pdb/);
SCOP (http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/)
CATH(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/);
SWISS-3DIMAGE(http://us.expasy.org/sw3d/)
DSSP  (http://www.sander.ebi.ac.uk/dssp/)
PDBsum(http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum/)
核酸序列的预测分析
1. 重复序列分析
CENSOR（ http://www.girinst.org/）;
RepeatMasker（http://ftp.genome.washington.edu/cgi-bin/RepeatMasker）;
CENSOR  Email（censor@sharon.lpi.org）;
XBLAST程序（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
核酸序列的预测分析
2. 数据库搜索
NCBI的BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）
蛋白序列SI-BLAST 和PHI-BLAST
免疫球蛋白:IgBLAST ;
长序列分析owerBLAST
核酸序列的预测分析
　3. 编码区统计特性分析:
GRAIL（http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/）
GenMARK（ www.genmarkag.com/） ;
NetGene（Email: netgene@cbs.dtu.dk）;
tRNAscan-SE（http://www.genetics.wustl.edu/eddy/tRNAscan-SE/）
GENSCAN（http://genes.mit.edu/GENSCAN.html）
蛋白质结构和功能的预测分析
预测蛋白质的物理性质
ExPASy( http://www.expasy.ch/tools/) ;
PROPSEARCH（http://www.embl-heidelberg.de/prs.htm）;
SAPS（http://www.isrec.isb-sib.ch/software/SAPS_form.html）;

蛋白质结构和功能的预测分析
蛋白质二级结构预测 :
NnPredict（http://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.html） ;
PredictProtein（国内镜像： http://www.cbi.pku.edu.cn/predictprotein/） ;
Tmpred （http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html）
SignalP（http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/）

蛋白质结构和功能的预测分析
蛋白质三维结构预测 :
SWISS-MODEL（http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html）;
PSI-BLAST（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）
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17楼2005-06-07 22:11:36
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