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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Wien2k&FLAPW&ELK » WIEN2K K点并行问题
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fyuewen

金虫 (正式写手)

[求助] WIEN2K K点并行问题 已有2人参与

各位朋友好，WIEN2k买来几年，因为并不是主要的工具所以都一直在并行着，最近想算一个原子数多一些的模型，所以需要并行。

我打算先在一个老的服务器上用K点并行方式计算，mpif90, mkl等都是有的。

看官方手册的.mashines文件部分，说实话，并没有看明白它在.machines里面是按照何种规则写的。

The following .machines file describes a simple example. We assume to have 5 computers, (alpha,
... epsilon), where epsilon has 4, and delta and gamma 2 cpus. In addition, gamma, delta and
epsilon are 3 times faster than alpha and beta.:
# This is a valid .machines file
#
granularity:1
1:alpha
1:beta
3:gamma:2 delta epsilon
3:delta:4 epsilon:4
residue:delta:4
lapw0:gamma:2 delta:2 epsilon:4
dstart:gamma:2 delta:2 epsilon:4

问了南大的好朋友，他们是直接在.machine里面写了节点名称，我按照他们的方式，比如我想在c0109这个节点上计算，我就把.machines里面写了c0109和granularity:1，然后进入到c0109这个节点，run_lapw -p之后， LAPW0 END结束后程序就自己中断了，也没有给什么错误，但是也没有算完，十分费解。折腾了蛮久，希望哪位前辈能够指点一下。
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Physicsloveukulele!Aloha!
1楼 2015-10-21 20:15:38
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wilsun7

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★
liliangfang: 金币+1, 谢谢交流 2016-01-30 18:04:24
你的串行计算可以跑吗？测试过吗？并行编译都没什么报错是吧？

我粘贴一个我的.machines file:
granularity:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
extrafine:1

相应的把我的 c11-09 换成你的 c0109。 我的文件是用脚本在计算机中心上产生的，当然如果你不用提交作业就可以跑的话，就不用脚本。
赞一下 回复此楼
2楼2016-01-17 07:49:30
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yangyuqi

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
3楼2016-01-17 11:37:32
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by wilsun7 at 2016-01-17 07:49:30
你的串行计算可以跑吗？测试过吗？并行编译都没什么报错是吧？

我粘贴一个我的.machines file:
granularity:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-09:1
1:c11-0 ...

我的像你这样写程序能跑也能并行，但是并行总在登录节点上进行，不知道咋回事？以前好好的，太久没用了重装之后就这样了
就是例如：
granularity:1
1:c01:1
1:c01:1
1:c02:1
1:c02:1
extrafine:1
它不能分配到正确的节点上去并行，在哪儿登录就就在哪儿算...
赞一下 回复此楼
4楼2016-03-15 17:29:23
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迷路的游侠

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

你这个可能是lapw1算的慢还没出结果，然后你的shell和主机断开链接，导致中断，可以K点先少一点看能不能跑完一个流程。如果可以，那就把任务提交到后台，这样就不会因为shell的原因导致任务中断
赞一下 回复此楼
5楼2016-03-15 17:39:48
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