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me_creazy

新虫 (正式写手)

[求助] 分子肽段与其受体的分子对接 已有1人参与

最近准备进行部分小分子肽段(10-20个氨基酸长度)与蛋白质大分子受体的分子对接研究,但本人对这一块不是很熟悉,希望有经验的大虾分享经验,讨论可使用的分子模拟软件,其中的相关模块,以及对接过程中的注意事项等。
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aixintian

金虫 (著名写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by me_creazy at 2015-10-22 09:50:28
怎么给你BB呢?...

无所谓,我不是为这个而来!

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人生是个解不开的迷
6楼2015-10-22 09:54:32
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aixintian

金虫 (著名写手)

是因为什么原因不能获取结果呢?你可以详细说一下么?至于怎么准备文件,在线服务器是有说明的,并且很详细。不过也有可能别人停止提供在线作业的服务。最好安装软件对接。

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人生是个解不开的迷
9楼2015-10-28 21:22:48
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aixintian

金虫 (著名写手)

如果没有结果反馈,可能是rosetta服务停止了。我之前也是遇到这类问题,你安装rosetta软件对接吧

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人生是个解不开的迷
11楼2015-10-29 08:45:22
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

可以用HEX对接完成你的任务
13楼2015-10-31 14:29:30
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me_creazy

新虫 (正式写手)

希望大家广泛发表意见,支持小木虫论坛
2楼2015-10-21 13:27:19
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aixintian

金虫 (著名写手)

可使用学术免费的ZDOCK,也是使用rosetta。或者去谷狗一下,有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接!

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

人生是个解不开的迷
3楼2015-10-21 13:49:45
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me_creazy

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-21 13:49:45
可使用学术免费的ZDOCK,也是使用rosetta。或者去谷狗一下,有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接!

好的。非常感谢!
4楼2015-10-21 19:41:10
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me_creazy

新虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-21 13:49:45
可使用学术免费的ZDOCK,也是使用rosetta。或者去谷狗一下,有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接!

怎么给你BB呢?
5楼2015-10-22 09:50:28
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me_creazy

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-22 09:54:32
无所谓,我不是为这个而来!
...

太感谢了!好心人呀
7楼2015-10-23 09:08:42
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me_creazy

新虫 (正式写手)

送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-21 13:49:45
可使用学术免费的ZDOCK,也是使用rosetta。或者去谷狗一下,有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接!

你好!我按照你的建议进行了在线zdock,可以正常进行对接。但是我在线进行rossetadock时,总是不能获得结果!我想向您咨询下rossetadock的pdb文件该如何准备呀?
8楼2015-10-28 19:34:06
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me_creazy

新虫 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-28 21:22:48
是因为什么原因不能获取结果呢?你可以详细说一下么?至于怎么准备文件,在线服务器是有说明的,并且很详细。不过也有可能别人停止提供在线作业的服务。最好安装软件对接。
...

谢谢您的回复,我先将要对接的肽段和蛋白的PDB文件进行ZDOCK,获得结果后,在把zdock得分最高的PDB文件提交ROSSETADOCK处理,到现在已经过去3天了,仍然没有获得反馈结果
10楼2015-10-29 08:39:40
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