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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 分子肽段与其受体的分子对接
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me_creazy

新虫 (正式写手)

[求助] 分子肽段与其受体的分子对接 已有1人参与

最近准备进行部分小分子肽段（10-20个氨基酸长度）与蛋白质大分子受体的分子对接研究，但本人对这一块不是很熟悉，希望有经验的大虾分享经验，讨论可使用的分子模拟软件，其中的相关模块，以及对接过程中的注意事项等。
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1楼 2015-10-21 13:26:34
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

aixintian

金虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by me_creazy at 2015-10-22 09:50:28
怎么给你BB呢？...

无所谓，我不是为这个而来！

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me_creazy
人生是个解不开的迷
6楼2015-10-22 09:54:32
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aixintian

金虫 (著名写手)
是因为什么原因不能获取结果呢？你可以详细说一下么？至于怎么准备文件，在线服务器是有说明的，并且很详细。不过也有可能别人停止提供在线作业的服务。最好安装软件对接。

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人生是个解不开的迷
9楼2015-10-28 21:22:48
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aixintian

金虫 (著名写手)
如果没有结果反馈，可能是rosetta服务停止了。我之前也是遇到这类问题，你安装rosetta软件对接吧

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人生是个解不开的迷
11楼2015-10-29 08:45:22
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

可以用HEX对接完成你的任务
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13楼2015-10-31 14:29:30
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me_creazy

新虫 (正式写手)
希望大家广泛发表意见，支持小木虫论坛
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2楼2015-10-21 13:27:19
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aixintian

金虫 (著名写手)
可使用学术免费的ZDOCK，也是使用rosetta。或者去谷狗一下，有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接！

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me_creazy
人生是个解不开的迷
3楼2015-10-21 13:49:45
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me_creazy

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-21 13:49:45
可使用学术免费的ZDOCK，也是使用rosetta。或者去谷狗一下，有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接！

好的。非常感谢！
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4楼2015-10-21 19:41:10
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me_creazy

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-21 13:49:45
可使用学术免费的ZDOCK，也是使用rosetta。或者去谷狗一下，有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接！

怎么给你BB呢？
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5楼2015-10-22 09:50:28
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me_creazy

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
6楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-22 09:54:32
无所谓，我不是为这个而来！
...

太感谢了！好心人呀
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7楼2015-10-23 09:08:42
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me_creazy

新虫 (正式写手)
送红花一朵
引用回帖:
3楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-21 13:49:45
可使用学术免费的ZDOCK，也是使用rosetta。或者去谷狗一下，有很多websever可以在线提交任务。也可以看看蛋白与蛋白对接！

你好！我按照你的建议进行了在线zdock，可以正常进行对接。但是我在线进行rossetadock时，总是不能获得结果！我想向您咨询下rossetadock的pdb文件该如何准备呀？
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8楼2015-10-28 19:34:06
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me_creazy

新虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by aixintian at 2015-10-28 21:22:48
是因为什么原因不能获取结果呢？你可以详细说一下么？至于怎么准备文件，在线服务器是有说明的，并且很详细。不过也有可能别人停止提供在线作业的服务。最好安装软件对接。
...

谢谢您的回复，我先将要对接的肽段和蛋白的PDB文件进行ZDOCK，获得结果后，在把zdock得分最高的PDB文件提交ROSSETADOCK处理，到现在已经过去3天了，仍然没有获得反馈结果
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10楼2015-10-29 08:39:40
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