| 查看: 609 | 回复: 1 | |||
[求助]
有没有可能计算出两个分子之间最接近原子的rdf? 已有1人参与
|
| 大家好，我的盒子是由两种分子组成的，用gromacs模拟，现在我想计算盒子中这两种分子的radial distribution function (rdf), 在gromacs里面算rdf时分子间的距离可以定义为质量中心(com)之间的距离或者体积中心（cog)之间的距离，但是我想定义两个分子之间的距离定义为这两个分子间距离最接近的两个原子之间的距离，然后计算rdf. 这样在gromacs中间好像不能实现，所以我将trajectory 文件做成了一个长pdb,请问有什么软件能帮我计算想要的rdf吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
基金申报
已经有5人回复
-
基金委咋了？2026年的指南还没有出来？
已经有7人回复
-
国自然申请面上模板最新2026版出了吗？
已经有17人回复
-
纳米粒子粒径的测量
已经有8人回复
-
疑惑？
已经有5人回复
-
计算机、0854电子信息（085401-058412）调剂
已经有5人回复
-
Materials Today Chemistry审稿周期
已经有5人回复
-
溴的反应液脱色
已经有7人回复
-
推荐一本书
已经有12人回复
-
常年博士招收(双一流，工科)
已经有4人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-10-19 10:12:44