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有没有可能计算出两个分子之间最接近原子的rdf? 已有1人参与
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| 大家好，我的盒子是由两种分子组成的，用gromacs模拟，现在我想计算盒子中这两种分子的radial distribution function (rdf), 在gromacs里面算rdf时分子间的距离可以定义为质量中心(com)之间的距离或者体积中心（cog)之间的距离，但是我想定义两个分子之间的距离定义为这两个分子间距离最接近的两个原子之间的距离，然后计算rdf. 这样在gromacs中间好像不能实现，所以我将trajectory 文件做成了一个长pdb,请问有什么软件能帮我计算想要的rdf吗？ |
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2楼2015-10-19 10:12:44