| 查看: 639 | 回复: 1 | |||
[求助]
有没有可能计算出两个分子之间最接近原子的rdf? 已有1人参与
|
| 大家好，我的盒子是由两种分子组成的，用gromacs模拟，现在我想计算盒子中这两种分子的radial distribution function (rdf), 在gromacs里面算rdf时分子间的距离可以定义为质量中心(com)之间的距离或者体积中心（cog)之间的距离，但是我想定义两个分子之间的距离定义为这两个分子间距离最接近的两个原子之间的距离，然后计算rdf. 这样在gromacs中间好像不能实现，所以我将trajectory 文件做成了一个长pdb,请问有什么软件能帮我计算想要的rdf吗？ |
回复此楼» 猜你喜欢
297，工科调剂?
已经有4人回复
-
恳请有学校收留
已经有7人回复
-
291求调剂
已经有9人回复
-
300求调剂
已经有11人回复
-
22专硕求调剂
已经有12人回复
-
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有25人回复
-
急需调剂
已经有7人回复
-
求调剂
已经有10人回复
-
一志愿华中农业071010，320求调剂
已经有16人回复
-
304求调剂
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
jerkwin
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +14 - 应助: 454 (硕士)
- 金币: 20699.1
- 散金: 148
- 红花: 81
- 帖子: 813
- 在线: 2648.3小时
- 虫号: 1023452
- 注册: 2010-05-19
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
2楼2015-10-19 10:12:44
20