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怎样从盒子中取出一个分子和离该分子最近的几个溶剂分子
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| 大家好，我有一个盒子里面有一个溶质分子， 被溶剂分子包围，用gromacs模拟.现在我想从得到的md轨迹当中每隔一段时间就把溶质分子和与他相邻的几个溶剂分子提取出来做一个量化计算, 请问这个可以用gromacs和vmd之类的软件实现嘛? 具体应该怎么做？谢谢！ |
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