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daxu

铁杆木虫 (正式写手)

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[交流] 请教晶体结构信息

如果从ICSD数据库中查得一种化学物质的信息，如何从中推测出这位物质中的金属原子的配位数呢？例如Ca3Al2（SiO4）1.53（OH）5.88这种物质，它的cif信息如下：
data_31250-ICSD
#?2005 by Fachinformationszentrum Karlsruhe, and the U.S. Secretary of
#Commerce on behalf of the United States.  All rights reserved.
_database_code_ICSD             31250
_audit_creation_date             1984/09/06
_audit_update_record             1999/01/19
_chemical_name_systematic
;
Calcium Aluminium Silicate Hydroxide *
;
_chemical_formula_structural    'Ca3 Al2 (Si O4)1.53 (O H)5.88'
_chemical_formula_sum             'H5.88 Al2 Ca3 O12 Si1.53'
_chemical_name_mineral          Plazolite
_publ_section_title
;
Crystal structure refinement of plazolite: a highly hydrated natural
hydrogrossular
;
loop_
_citation_id
_citation_journal_abbrev
_citation_year
_citation_journal_volume
_citation_page_first
_citation_page_last
_citation_journal_id_ASTM
primary 'Neues Jahrbuch fuer Mineralogie. Monatshefte (Band=Jahr) (1950-)'
1983 1983 251 258 NJMMAW
2 'American Mineralogist' 1920 5 183 185 AMMIAY
loop_
_publ_author_name
'Basso, R.'
'Giusta, A.D.'
'Zefiro, L.'
_cell_length_a                   12.174(3)
_cell_length_b                   12.174(3)
_cell_length_c                   12.174(3)
_cell_angle_alpha                90.
_cell_angle_beta                90.
_cell_angle_gamma                90.
_cell_volume                      1804.26
_cell_formula_units_Z             8
_symmetry_space_group_name_H-M    'I a -3 d'
_symmetry_Int_Tables_number       230
_refine_ls_R_factor_all          .021
loop_
_symmetry_equiv_pos_site_id
_symmetry_equiv_pos_as_xyz
  1 '-z+.75, y+.25, x+.75'
  2 'z+.75, -y+.75, x+.25'
  3 'z+.25, y+.75, -x+.75'
  4 '-z+.25, -y+.25, -x+.25'
  5 'y+.25, x+.75, -z+.75'
  6 '-y+.75, x+.25, z+.75'
  7 'y+.75, -x+.75, z+.25'
  8 '-y+.25, -x+.25, -z+.25'
  9 'x+.75, -z+.75, y+.25'
10 'x+.25, z+.75, -y+.75'
11 '-x+.75, z+.25, y+.75'
12 '-x+.25, -z+.25, -y+.25'
13 'z+.75, -y+.25, -x+.75'
14 '-z+.75, y+.75, -x+.25'
15 '-z+.25, -y+.75, x+.75'
16 'z+.25, y+.25, x+.25'
17 '-y+.25, -x+.75, z+.75'
18 'y+.75, -x+.25, -z+.75'
19 '-y+.75, x+.75, -z+.25'
20 'y+.25, x+.25, z+.25'
21 '-x+.75, z+.75, -y+.25'
22 '-x+.25, -z+.75, y+.75'
23 'x+.75, -z+.25, -y+.75'
24 'x+.25, z+.25, y+.25'
25 '-z+.5, x+.5, y'
26 'z+.5, x, -y+.5'
27 'z, -x+.5, y+.5'
28 '-z, -x, -y'
29 'y, -z+.5, x+.5'
30 '-y+.5, z+.5, x'
31 'y+.5, z, -x+.5'
32 '-y, -z, -x'
33 'x+.5, y, -z+.5'
34 'x, -y+.5, z+.5'
35 '-x+.5, y+.5, z'
36 '-x, -y, -z'
37 'z+.5, -x+.5, -y'
38 '-z+.5, -x, y+.5'
39 '-z, x+.5, -y+.5'
40 'z, x, y'
41 '-y, z+.5, -x+.5'
42 'y+.5, -z+.5, -x'
43 '-y+.5, -z, x+.5'
44 'y, z, x'
45 '-x+.5, -y, z+.5'
46 '-x, y+.5, -z+.5'
47 'x+.5, -y+.5, -z'
48 'x, y, z'
49 '-z+.25, y+.75, x+.25'
50 'z+.25, -y+.25, x+.75'
51 'z+.75, y+.25, -x+.25'
52 '-z+.75, -y+.75, -x+.75'
53 'y+.75, x+.25, -z+.25'
54 '-y+.25, x+.75, z+.25'
55 'y+.25, -x+.25, z+.75'
56 '-y+.75, -x+.75, -z+.75'
57 'x+.25, -z+.25, y+.75'
58 'x+.75, z+.25, -y+.25'
59 '-x+.25, z+.75, y+.25'
60 '-x+.75, -z+.75, -y+.75'
61 'z+.25, -y+.75, -x+.25'
62 '-z+.25, y+.25, -x+.75'
63 '-z+.75, -y+.25, x+.25'
64 'z+.75, y+.75, x+.75'
65 '-y+.75, -x+.25, z+.25'
66 'y+.25, -x+.75, -z+.25'
67 '-y+.25, x+.25, -z+.75'
68 'y+.75, x+.75, z+.75'
69 '-x+.25, z+.25, -y+.75'
70 '-x+.75, -z+.25, y+.25'
71 'x+.25, -z+.75, -y+.25'
72 'x+.75, z+.75, y+.75'
73 '-z, x, y+.5'
74 'z, x+.5, -y'
75 'z+.5, -x, y'
76 '-z+.5, -x+.5, -y+.5'
77 'y+.5, -z, x'
78 '-y, z, x+.5'
79 'y, z+.5, -x'
80 '-y+.5, -z+.5, -x+.5'
81 'x, y+.5, -z'
82 'x+.5, -y, z'
83 '-x, y, z+.5'
84 '-x+.5, -y+.5, -z+.5'
85 'z, -x, -y+.5'
86 '-z, -x+.5, y'
87 '-z+.5, x, -y'
88 'z+.5, x+.5, y+.5'
89 '-y+.5, z, -x'
90 'y, -z, -x+.5'
91 '-y, -z+.5, x'
92 'y+.5, z+.5, x+.5'
93 '-x, -y+.5, z'
94 '-x+.5, y, -z'
95 'x, -y, -z+.5'
96 'x+.5, y+.5, z+.5'
loop_
_atom_type_symbol
_atom_type_oxidation_number
Al3+    3
Ca2+    2
H1+    1
O2-    -2
Si4+    4
loop_
_atom_site_label
_atom_site_type_symbol
_atom_site_symmetry_multiplicity
_atom_site_Wyckoff_symbol
_atom_site_fract_x
_atom_site_fract_y
_atom_site_fract_z
_atom_site_occupancy
_atom_site_attached_hydrogens
_atom_site_B_iso_or_equiv
Ca1 Ca2+ 24 c 0.125 0 0.25 1. 0 0.83
Al1 Al3+ 16 a 0 0 0 1. 0 1.13
Si1 Si4+ 24 d 0.375 0 0.25 0.509(1) 0 0.29
O1 O2- 96 h 0.0341(1) 0.0484(1) 0.6468(1) 1. 1 1.63
H1 H1+ 96 h 0.102 0.082 0.638 0.491 0 3.

#End of data_31250-ICSD

知道了上面的信息，可是不知道Ca、Al到底是如何配位的？
多谢各位高手指点一二，谢谢

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1楼 2008-09-05 13:57:47

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引用回帖:

Originally posted by gujm516 at 2008-9-5 16:56:
1. 把这个信息保存为CIF或TXT文件。
2. 找一个软件，如Mercury、Diamond等打开文件一看就明白了。
3. 上面这组信息里：
Ca-O八配位，呈四方反棱柱（带有畸变）。
Si-O四配位，四面体 ...

谢谢楼上的，其实Ca和Si倒是好看的，可是Al填充的空隙里是怎么和氧原子配位的，这是我想知道的，因为我看文献说是Al有三种配位方式，一种是四配位的Al2O3多面体，一种是六配位的Al2O3多面体，还有一种是六配位的Al（OH）3多面体，所以我想弄明白的是Al的这种结构中到底是那种配位？