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linux下单机版和并行版gromacs5.0.6安装 已有1人参与
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单机版和并行版gromacs5.0.6安装 折腾了一个星期，昨天终于在ubuntu14.04下把Gromacs 5.0.6安装成功安装，安装步骤如下： 首先官网下载：openmpi 1.10.0.tar.gz ;fftw3.3.4.tar.gz ;cmake3.3.2.tar.gz ;gromacs5.0.6.tar.gz. 一下都是默认安装（为了省去设置环境变量） 1.安装openmpi 1.10.0 tar xvf openmpi 1.10.0.tar.gz cd openmpi-1.10.0 ./configure make clean（此步可选，建议make clean一下） make sudo make install cd examples make mpirun -np 4 hello_c(出现I am 1 2 3等形式的命令行说明安装成功) 2.安装fftw3.3.4 tar xvf fftw3.3.4.tar.gz cd fftw-3.3.4 （1）fftw单精度安装 （建议用cat命令进去INSTALL 和README查看安装步骤和相关设置说明） ./configure --enable-single(--enable-float) --enable-shared --enable-mpi make clean make sudo make install （2）fftw双精度安装 sudo make distclean ./configure --disable-single(--disable-float) --enable-mpi make sudo make install 3.安装cmake3.3.2 tar xvf fftw3.3.4.tar.gz cd fftw-3.3.4 ./configure make clean（此步可选，建议make clean一下） make sudo make install cmake --version 出现cmake suite maintained and supported by kitware(quitter.com/cmake)则证明安装成功 4.安装gromacs5.0.6 tar xvf gromacs5.0.6.tar.gz cd gromacs-5.0.6 （1）单机版安装 mkdir build cd build cmake .. make clean make sudo make install （2）并行版安装 cd build sudo rm -rf * cmake .. -DGMX_MPI=ON make sudo make install vim .bashrc export PATH=$PATH:/usr/local/gromacs/bin source .bashrc ls -lrt mdrun mdrun_mpi 注：安装过程每一步都可能出现error，可以重复试一下或是重装或换个新或旧的版本试试。 |
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以下是gromacs 5.1的安装流程。平台是 4块980Ti+2块8核E5的CPU（32线程）。oplsaa力场，2000个聚苯乙烯单体，32000个原子，效率=48ns/day。 install openmpi $ ../configure --prefix=$HOME/.local/openmpi/ --enable-mpi-thread-multiple --with-cuda=/usr/local/cuda-7.0 $ make -j24 $ make install t --with-cuda=/usr/local/cuda-7.0 此项添加了cuda支持。gromacs的gpu运算必须在openmpi中添加此项。 --enable-mpi-thread-multiple 关于多线程，添加这一项就可以了。不要加--with-threads，两者不兼容。 install fftw3 http://blog.163.com/qimo601@126/ ... 093201382524244772/ $ ../configure --enable-shared --enable-float --enable-mpi --enable-threads --enable-openmp --enable-sse2 --enable-avx --prefix=$HOME/.local/fftw $ gmake -j24 $gmake install install grommacs cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/.local/gromacs -DGMX_GPU=on -DGMX_MPI=on -DGMX_SIMD=AVX2_256 -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-7.0 -DCMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/.local/fftw $make -j24 $make install 安装gromacs时cmake时， -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 此项中的fftw3，是确定这样写的，不能写作fftw。 DCMAKE_PREFIX_PATH=$HOME/.local/fftw 此项 是fftw的库的路径，包括include和lib，和单独指定是一样的。 DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=$HOME/.local/cuda 此项中指定了cuda路径，它可以不在环境变量中写出，只要将cuda的安装目录在此选项中指出即可。 |
2楼2015-10-30 10:30:53