| 查看: 1033 | 回复: 1 | |||
hxswdl管理员
Tortoise
|
[交流]
真菌基因组完成图的组装--文献分享 已有1人参与
|
|
一、大量一代及二代数据组合组装 题目：The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Fusarium graminearum 链接：http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/544 二、基于PacBio 与 光学图谱 题目:Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome 链接：http://mbio.asm.org/content/6/4/e00936-15.abstract 物种： Verticillium dahliae 如果对真菌基因组完成图组装感兴趣的可以看看这两篇，第一篇工作有点类似于第一个大肠杆菌基因组完成图（K12菌株MG1655）的组装，工作量太大，测序、组装方法可参考性比较低；第二篇文章走了一些弯路，但是后来换了测序组装策略，得到完成图，方法很有参考价值。而且作者用的是P4-C2及P5-C3的数据，平均读长分别是6.8kb与8.3kb，而现在的P6-C4试剂平均读长一般能达到15kb，除了现在平均读长有提升外，数据产出也有大幅度提高，文章中14个cells共6Gb，而现在的PacBio RSII 一般不出问题，一个cell产出是800M-1Gb的数据。所以，PacBio在真菌基因组组装中的应用前景还是非常广泛的。 我读的文献太少，如果有其他真菌基因组完成图的文章，还希望不吝指出，谢谢~  |
回复此楼» 猜你喜欢
309分085801求调剂
已经有7人回复
-
生物学308分求调剂（一志愿华东师大）
已经有3人回复
-
求调剂：一志愿：南京大学 专业：0705 总分320 ，本科985，四六级已过
已经有3人回复
-
环境工程 085701，267求调剂
已经有14人回复
-
308求调剂
已经有12人回复
-
求调剂：085600材料与化工，考材科基，总分319
已经有21人回复
-
311求调剂
已经有8人回复
-
294分080500材料科学与工程求调剂
已经有13人回复
-
288求调剂 一志愿哈工大 材料与化工
已经有19人回复
-
288资源与环境专硕求调剂，不限专业，有学上就行
已经有23人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
zhjzh002
管理员
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 5749.8
- 散金: 20
- 帖子: 1346
- 在线: 143.8小时
- 虫号: 629802
- 注册: 2008-10-18
- 性别: GG
- 专业: 爆炸与冲击动力学
2楼2015-11-17 16:57:13
