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至尊木虫 (文坛精英)

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[交流] 真菌基因组完成图的组装--文献分享已有1人参与

一、大量一代及二代数据组合组装
题目：The completed genome sequence of the pathogenic ascomycete fungus Fusarium graminearum
链接：http://www.biomedcentral.com/1471-2164/16/544

二、基于PacBio 与光学图谱
题目:Single-Molecule Real-Time Sequencing Combined with Optical Mapping Yields Completely Finished Fungal Genome
链接：http://mbio.asm.org/content/6/4/e00936-15.abstract
物种： Verticillium dahliae

如果对真菌基因组完成图组装感兴趣的可以看看这两篇，第一篇工作有点类似于第一个大肠杆菌基因组完成图（K12菌株MG1655）的组装，工作量太大，测序、组装方法可参考性比较低；第二篇文章走了一些弯路，但是后来换了测序组装策略，得到完成图，方法很有参考价值。而且作者用的是P4-C2及P5-C3的数据，平均读长分别是6.8kb与8.3kb，而现在的P6-C4试剂平均读长一般能达到15kb，除了现在平均读长有提升外，数据产出也有大幅度提高，文章中14个cells共6Gb，而现在的PacBio RSII 一般不出问题，一个cell产出是800M-1Gb的数据。所以，PacBio在真菌基因组组装中的应用前景还是非常广泛的。

我读的文献太少，如果有其他真菌基因组完成图的文章，还希望不吝指出，谢谢~