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紫痕墨轩

金虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序

请教各位虫友,做了一个植物与菌共生后寻找差异表达基因的转录组测序,植物是紫穗槐(豆科,木本植物),菌是摩西球囊霉(一种丛枝菌根真菌AMF),加菌为处理组,不加菌为对照组,菌与植物之间为共生关系,接种摩西球囊霉对植物的生长发育、抗逆性(耐干旱)等方面有促进作用,现在做完转录组测序发现有上调基因800多,下调基因1500多,我想问大家的是,分析下调基因有什么意义,以下是个人理解:(下调的意思不是指基因的表达量处理组比对照组低,代表基因受到负向调控,受到抑制么,而加菌后会促进植物的各个方面,我就是不清楚为什么要分析下调基因,下调基因岂不是说明加菌后,处理组还没对照组好么),就是这块蒙圈了,所以要请教大家,可能说的有点乱,还请大家见谅。先谢过大家了。

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【答案】应助回帖

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紫痕墨轩: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-10-18 12:08:40
有差异表达的基因都是要分析的,无论高表达还是低表达。不明白楼主为何困惑。举个栗子,加入A基因可抑制抗旱能力,如果A基因高表达,则植物抗旱能力差,低表达则抗旱能力强。那么A基因在处理组中低表达就很有意义!
我就是我IamwhatIam
2楼2015-10-17 23:36:41
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qijinyu

铁虫 (正式写手)

请问,你做的是植物的什么部位是叶部吗?根部是不是菌根菌会对结果有影响

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3楼2016-01-04 18:18:08
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gmufan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

下调基因有可能是负调控基因,或者在选择过程中受到背景筛选的基因
4楼2016-01-12 11:29:52
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梦与命

新虫 (小有名气)

您好,我想请教一下怎么从转录组数据里找关键基因呢

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5楼2019-09-26 23:42:30
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