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紫痕墨轩

金虫 (初入文坛)

[求助] 转录组测序

请教各位虫友，做了一个植物与菌共生后寻找差异表达基因的转录组测序，植物是紫穗槐（豆科，木本植物），菌是摩西球囊霉（一种丛枝菌根真菌AMF）,加菌为处理组，不加菌为对照组，菌与植物之间为共生关系，接种摩西球囊霉对植物的生长发育、抗逆性（耐干旱）等方面有促进作用，现在做完转录组测序发现有上调基因800多，下调基因1500多，我想问大家的是，分析下调基因有什么意义，以下是个人理解：（下调的意思不是指基因的表达量处理组比对照组低，代表基因受到负向调控，受到抑制么，而加菌后会促进植物的各个方面，我就是不清楚为什么要分析下调基因，下调基因岂不是说明加菌后，处理组还没对照组好么），就是这块蒙圈了，所以要请教大家，可能说的有点乱，还请大家见谅。先谢过大家了。

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或许我们不曾见面，但我需要你的记忆
1楼 2015-10-09 13:43:31
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qijinyu

铁虫 (正式写手)
请问，你做的是植物的什么部位是叶部吗？根部是不是菌根菌会对结果有影响

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3楼2016-01-04 18:18:08
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幽幽深谷竹

金虫 (著名写手)

骨子里是文科男的理科男

【答案】应助回帖

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紫痕墨轩: 金币+50, ★★★很有帮助 2015-10-18 12:08:40
有差异表达的基因都是要分析的，无论高表达还是低表达。不明白楼主为何困惑。举个栗子，加入A基因可抑制抗旱能力，如果A基因高表达，则植物抗旱能力差，低表达则抗旱能力强。那么A基因在处理组中低表达就很有意义！
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我就是我IamwhatIam
2楼2015-10-17 23:36:41
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gmufan

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

下调基因有可能是负调控基因，或者在选择过程中受到背景筛选的基因
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4楼2016-01-12 11:29:52
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梦与命

新虫 (小有名气)
您好，我想请教一下怎么从转录组数据里找关键基因呢

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5楼2019-09-26 23:42:30
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