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画系统发育树时bootstrap value很低的原因是什么？已有1人参与
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本人是用已知序列在NCBI上找了相似度基本都在97%以上的菌株，调方向之后用CLUSTAL W对序列进行ALIGN，ALIGN后删掉了序列的头尾，基本不存在gap了。但是用MEGA5.0画树的时候，bootstrap value依旧会很低，大部分在10—20之间。 在论坛上看见有大神说这种情况是因为序列相似度太高导致的，但是不应该相似度越高代表具有同源性的可能性越大吗？而且我的树上少部分bootstrap value会高达80以上，我看他们的相似性也在97%以上啊，又为什么会出现这种情况呢？ 下面两幅图都是同一棵树上的。。。 求助各位虫子了！  1.jpg  2.jpg |
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