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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 构建系统进化树的问题
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peng1997

新虫 (小有名气)

[求助] 构建系统进化树的问题 已有1人参与

网上搜到的步骤
1.序列比对
2.掐头去尾 选取所需序列，转换格式
3.利用软件绘制系统进化树

不大理解第二步的选取所需序列，怎么选（软件中怎么实现），什么才是所需。
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1楼 2015-10-08 22:26:02
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peng1997

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by helios_hj at 2015-10-09 15:16:02
头尾一般测的不准，是必须去掉的，你用克隆测序的话可能还有残留质粒污染，比对一般选取测序准确的部分进行比对，而且长度尽量一致，所以要修剪对齐...

请问在MEGA里怎么编辑
能不能截个图
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6楼2015-10-09 16:02:04
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helios_hj

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
peng1997: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-10-09 15:09:25
第二步基本意思是手工修剪对齐所比对的序列，用bioedit可以做，MEGA也有个编辑功能
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Ifyouthinkyoucan,youcan!!!
3楼2015-10-09 12:49:43
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peng1997

新虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by helios_hj at 2015-10-09 12:49:43
第二步基本意思是手工修剪对齐所比对的序列，用bioedit可以做，MEGA也有个编辑功能

如果跳过这步 直接建树 会有影响吗
这一步的必要性在哪
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4楼2015-10-09 15:09:21
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helios_hj

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by peng1997 at 2015-10-09 15:09:21
如果跳过这步 直接建树 会有影响吗
这一步的必要性在哪...

头尾一般测的不准，是必须去掉的，你用克隆测序的话可能还有残留质粒污染，比对一般选取测序准确的部分进行比对，而且长度尽量一致，所以要修剪对齐
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Ifyouthinkyoucan,youcan!!!
5楼2015-10-09 15:16:02
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