应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办
91/1返回列表
查看: 1087  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

红尘不到

铜虫 (小有名气)

[求助] 药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办 已有1人参与

做药剂分子在矿物表面的吸附，分别将药剂和矿物分子均优化好，矿物分子是一个2*2的超晶胞，但是将药剂分子放进去后药剂分子有部分原子在盒子外面，这个对结果又影响么？需要调整盒子大小么？如果调整了盒子大小下端矿物分子有部分空出，如果调整药剂分子结构感觉好像也不行，不然药剂分子就没必要优化了？还烦请各位指点~~~谢谢~~

药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办
1.PNG
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2015-09-28 17:18:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

czj1019

禁虫 (著名写手)
★
ben_ladeng: 金币+1, 欢迎常来 2015-09-29 15:59:12
本帖内容被屏蔽
2楼2015-09-28 18:19:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by czj1019 at 2015-09-28 18:19:03
调整真空层的厚度

可是调整后下面矿物的原子没有变化，导致有部分真空层里没有原子，这样没有影响吗？看着怪怪的
赞一下 回复此楼
3楼2015-09-28 20:27:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

czj1019

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-09-28 22:11:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 欢迎常来 2015-09-29 15:59:23
构建2*2的超晶胞的依据是什么？盒子尺寸足够满足截断半径的要求么？
药剂分子有部分原子在盒子外面，根据周期性边界条件，这部分伸出去的原子，已经嵌在晶面原子中了，这肯定是不合理的，这个问题归因于真空层太薄。
赞一下 回复此楼
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2015-09-29 10:28:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhao_y09

铁虫 (小有名气)
放的时候是直接copy过去吗？

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
6楼2015-09-29 17:27:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhao_y09 at 2015-09-29 17:27:12
放的时候是直接copy过去吗？

恩，是的，因为药剂分子比较大，所以创建药剂分子真空层时比较大，copy过来就超过了所创建的矿物超晶胞的真空层
赞一下 回复此楼
7楼2015-10-01 15:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-09-29 10:28:49
构建2*2的超晶胞的依据是什么？盒子尺寸足够满足截断半径的要求么？
药剂分子有部分原子在盒子外面，根据周期性边界条件，这部分伸出去的原子，已经嵌在晶面原子中了，这肯定是不合理的，这个问题归因于真空层太薄 ...

恩，我也这么想过，但是超晶胞太大计算量太大了，所以我主要是参考文献中别人做的，有好几个做我这相关的都是2*2的超胞。药剂分子优化时真空层就比较大，不知能不能有什么办法让它小一点
赞一下 回复此楼
8楼2015-10-01 15:14:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by czj1019 at 2015-09-28 22:11:25
真空层可以有空的...

恩，这样对最后的结果没有影响么？
赞一下 回复此楼
9楼2015-10-01 15:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 红尘不到 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工考研调剂 +3 孅華 2026-03-22 3/150 2026-03-23 11:20 by barlinike
[考研] 276求调剂。有半年电池和半年高分子实习经历 +6 材料学257求调剂 2026-03-23 7/350 2026-03-23 11:05 by laoshidan
[考研] 0854 考研调剂 招生了！AI 方向 +3 pk3725069 2026-03-19 13/650 2026-03-23 11:00 by 汪！？！
[考研] 085600材料与化工 +10 安全上岸！ 2026-03-16 10/500 2026-03-23 09:31 by Jy?
[考研] 一志愿武理材料工程348求调剂 +5 ￣^￣゜汗 2026-03-19 7/350 2026-03-22 19:44 by 公瑾逍遥
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +11 梨花珞晚风 2026-03-17 11/550 2026-03-22 17:42 by luoyongfeng
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 311求调剂 +3 26研0 2026-03-20 3/150 2026-03-22 14:46 by ColorlessPI
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 资源与环境 调剂申请(333分) +5 holy J 2026-03-21 5/250 2026-03-21 22:42 by Catalysis25
[考研] 0703化学调剂 +4 妮妮ninicgb 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:39 by 学员8dgXkO
[考研] 278求调剂 +9 烟火先于春 2026-03-17 9/450 2026-03-21 17:47 by 学员8dgXkO
[考研] 0805材料320求调剂 +3 深海物语 2026-03-20 3/150 2026-03-21 15:46 by 无际的草原
[考研] 332求调剂 +3 凤凰院丁真 2026-03-20 3/150 2026-03-21 10:27 by luoyongfeng
[考研] 295复试调剂 +8 简木ChuFront 2026-03-19 8/400 2026-03-20 20:44 by zhukairuo
[考研] 295材料求调剂，一志愿武汉理工085601专硕 +5 Charlieyq 2026-03-19 5/250 2026-03-20 20:35 by JourneyLucky
[论文投稿] 申请回稿延期一个月，编辑同意了。但系统上的时间没变，给编辑又写邮件了，没回复 10+3 wangf9518 2026-03-17 4/200 2026-03-19 23:55 by babero
[考研] 320求调剂0856 +3 不想起名字112 2026-03-19 3/150 2026-03-19 22:53 by 学员8dgXkO
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林，给自己招师弟中～ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨； 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭