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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办
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红尘不到

铜虫 (小有名气)

[求助] 药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办 已有1人参与

做药剂分子在矿物表面的吸附，分别将药剂和矿物分子均优化好，矿物分子是一个2*2的超晶胞，但是将药剂分子放进去后药剂分子有部分原子在盒子外面，这个对结果又影响么？需要调整盒子大小么？如果调整了盒子大小下端矿物分子有部分空出，如果调整药剂分子结构感觉好像也不行，不然药剂分子就没必要优化了？还烦请各位指点~~~谢谢~~

药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办
1.PNG
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1楼 2015-09-28 17:18:42
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czj1019

禁虫 (著名写手)
★
ben_ladeng: 金币+1, 欢迎常来 2015-09-29 15:59:12
本帖内容被屏蔽
2楼2015-09-28 18:19:03
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红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by czj1019 at 2015-09-28 18:19:03
调整真空层的厚度

可是调整后下面矿物的原子没有变化，导致有部分真空层里没有原子，这样没有影响吗？看着怪怪的
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3楼2015-09-28 20:27:55
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czj1019

禁虫 (著名写手)
本帖内容被屏蔽
4楼2015-09-28 22:11:25
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 欢迎常来 2015-09-29 15:59:23
构建2*2的超晶胞的依据是什么？盒子尺寸足够满足截断半径的要求么？
药剂分子有部分原子在盒子外面，根据周期性边界条件，这部分伸出去的原子，已经嵌在晶面原子中了，这肯定是不合理的，这个问题归因于真空层太薄。
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MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助！时间精力有限，恕不接受无偿私信求助。
5楼2015-09-29 10:28:49
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zhao_y09

铁虫 (小有名气)
放的时候是直接copy过去吗？

发自小木虫Android客户端
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6楼2015-09-29 17:27:12
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红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by zhao_y09 at 2015-09-29 17:27:12
放的时候是直接copy过去吗？

恩，是的，因为药剂分子比较大，所以创建药剂分子真空层时比较大，copy过来就超过了所创建的矿物超晶胞的真空层
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7楼2015-10-01 15:12:39
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红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-09-29 10:28:49
构建2*2的超晶胞的依据是什么？盒子尺寸足够满足截断半径的要求么？
药剂分子有部分原子在盒子外面，根据周期性边界条件，这部分伸出去的原子，已经嵌在晶面原子中了，这肯定是不合理的，这个问题归因于真空层太薄 ...

恩，我也这么想过，但是超晶胞太大计算量太大了，所以我主要是参考文献中别人做的，有好几个做我这相关的都是2*2的超胞。药剂分子优化时真空层就比较大，不知能不能有什么办法让它小一点
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8楼2015-10-01 15:14:59
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红尘不到

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by czj1019 at 2015-09-28 22:11:25
真空层可以有空的...

恩，这样对最后的结果没有影响么？
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9楼2015-10-01 15:15:35
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