24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 985  |  回复: 8

红尘不到

铜虫 (小有名气)

[求助] 药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办已有1人参与

做药剂分子在矿物表面的吸附,分别将药剂和矿物分子均优化好,矿物分子是一个2*2的超晶胞,但是将药剂分子放进去后药剂分子有部分原子在盒子外面,这个对结果又影响么?需要调整盒子大小么?如果调整了盒子大小下端矿物分子有部分空出,如果调整药剂分子结构感觉好像也不行,不然药剂分子就没必要优化了?还烦请各位指点~~~谢谢~~

药剂分子在矿物表面吸附时盒子放不下怎么办
1.PNG
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

czj1019

禁虫 (著名写手)


ben_ladeng: 金币+1, 欢迎常来 2015-09-29 15:59:12
本帖内容被屏蔽

2楼2015-09-28 18:19:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by czj1019 at 2015-09-28 18:19:03
调整真空层的厚度

可是调整后下面矿物的原子没有变化,导致有部分真空层里没有原子,这样没有影响吗?看着怪怪的
3楼2015-09-28 20:27:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

czj1019

禁虫 (著名写手)

本帖内容被屏蔽

4楼2015-09-28 22:11:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ben_ladeng: 金币+2, 欢迎常来 2015-09-29 15:59:23
构建2*2的超晶胞的依据是什么?盒子尺寸足够满足截断半径的要求么?
药剂分子有部分原子在盒子外面,根据周期性边界条件,这部分伸出去的原子,已经嵌在晶面原子中了,这肯定是不合理的,这个问题归因于真空层太薄。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
5楼2015-09-29 10:28:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhao_y09

铁虫 (小有名气)

放的时候是直接copy过去吗?

发自小木虫Android客户端
6楼2015-09-29 17:27:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zhao_y09 at 2015-09-29 17:27:12
放的时候是直接copy过去吗?

恩,是的,因为药剂分子比较大,所以创建药剂分子真空层时比较大,copy过来就超过了所创建的矿物超晶胞的真空层
7楼2015-10-01 15:12:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-09-29 10:28:49
构建2*2的超晶胞的依据是什么?盒子尺寸足够满足截断半径的要求么?
药剂分子有部分原子在盒子外面,根据周期性边界条件,这部分伸出去的原子,已经嵌在晶面原子中了,这肯定是不合理的,这个问题归因于真空层太薄 ...

恩,我也这么想过,但是超晶胞太大计算量太大了,所以我主要是参考文献中别人做的,有好几个做我这相关的都是2*2的超胞。药剂分子优化时真空层就比较大,不知能不能有什么办法让它小一点
8楼2015-10-01 15:14:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

红尘不到

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by czj1019 at 2015-09-28 22:11:25
真空层可以有空的...

恩,这样对最后的结果没有影响么?
9楼2015-10-01 15:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 红尘不到 的主题更新
信息提示
请填处理意见