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nieqiantina银虫 (初入文坛)
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UCSC和NCBI已有1人参与
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| 我在设计鼠Fas（TNF receptor superfamily member 6)qPCR的引物，想在UCSC里面找到几个转录本的共同的区域，可是UCSC里面Fas基因很短，而且几乎没有外显子，而在NCBI的GENE里面找的与UCSC里面的完全不一样，而且查阅相关资料应该觉得NCBI里面的是正确的，可是里面找不到同时出现的转录本，不好下手设计引物，请大神指导，这是为什么。。。。。又该如何解决。。。。 |
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2楼2015-09-28 10:40:10
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4楼2015-09-28 10:40:39
【答案】应助回帖
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nieqiantina: 金币+5, ★★★很有帮助 2015-09-29 10:19:32
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要知道，你这个基因是一个superfamily中的一个，所以会有很多个家族成员，差异可能比较大，所以在数据库下载序列的时候一定要确保是你所需要的那个型，为了设计定量引物，你可以下载改基因在不同物种的同源基因，然后进行同源比对，在保守区域设计引物，当然最保险的方法是根据EST序列或者保守序列在鼠中将Fas（TNF receptor superfamily member 6)这个基因克隆出来，测序之后根据测序结果来设计qPCR引物，可确保万无一失。 谢谢，祝好 |
5楼2015-09-28 10:48:30
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8楼2015-09-29 10:17:46