| 查看: 1119 | 回复: 3 | |||
吉米爱多铁杆木虫 (著名写手)
|
[求助]
请问gromacs中，PME和domain decomposition的关系是什么？ 已有1人参与
|
如图，是不是pme网格就是区域分解的网格？pme ranks是用来处理格子间的信息传递而p-p ranks是用来处理每个格子内的计算？ PME.jpg |
回复此楼» 猜你喜欢
各位老师好，我的一志愿为北京科技大学085601材料专硕
已经有12人回复
-
359求调剂
已经有7人回复
-
070300化学专业279调剂
已经有10人回复
-
环境工程297分求调剂一志愿杭高院
已经有9人回复
-
一志愿武理材料工程302调剂环化或化工
已经有9人回复
-
309分085801求调剂
已经有5人回复
-
一志愿 南京航空航天大学 ，080500材料科学与工程学硕
已经有5人回复
-
材料调剂
已经有4人回复
-
材料调剂
已经有3人回复
-
311（085601）求调剂
已经有12人回复
吉米爱多
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 6158.1
- 散金: 457
- 红花: 12
- 帖子: 1684
- 在线: 345.6小时
- 虫号: 2318682
- 注册: 2013-03-04
- 专业: 能源化工
|
When PME is used with domain decomposition, separate ranks can be assigned to do only the PME mesh calculation; this is computationally more efficient starting at about 12 ranks, or even fewer when OpenMP parallelization is used. The number of PME ranks is set with option -npme, but this cannot be more than half of the ranks. By default mdrun makes a guess for the number of PME ranks when the number of ranks is larger than 16. With GPUs, using separate PME ranks is not selected automatically, since the optimal setup depends very much on the details of the hardware. In all cases, you might gain performance by optimizing -npme. Performance statistics on this issue are written at the end of the log file. For good load balancing at high parallelization, the PME grid x and y dimensions should be divisible by the number of PME ranks (the simulation will run correctly also when this is not the case). 截图是这段 |
2楼2015-09-27 12:42:48
bluewhale
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 58 (初中生)
- 金币: 8438.3
- 散金: 50
- 红花: 10
- 帖子: 890
- 在线: 362.2小时
- 虫号: 278289
- 注册: 2006-09-10
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
3楼2015-09-27 20:14:00
吉米爱多
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 6158.1
- 散金: 457
- 红花: 12
- 帖子: 1684
- 在线: 345.6小时
- 虫号: 2318682
- 注册: 2013-03-04
- 专业: 能源化工
4楼2015-09-27 22:11:09
