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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求助DGGE图谱分析都能得到哪些信息
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hdd123

金虫 (正式写手)

[交流] 求助DGGE图谱分析都能得到哪些信息

如题,最近看文献发现,做总细菌或者真菌的就会用shannon指数和PCA或者聚类，而特异性微生物比如甲烷、解磷菌、解钾菌、硝酸还原菌之类的DGGE图谱分析一般是克隆和PCA或聚类，而没有shannon指数，为什么？这个指数在特异性微生物方面不能用嘛？
请求帮助！

[ Last edited by 350784478 on 2009-7-12 at 09:17 ]
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1楼 2008-09-01 22:31:29
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zjxjcj

银虫 (小有名气)
shanon指数不是用于多样性分析的么？一般看到的文献中shanon指数都是用于描述五种多样性的。也不是很清楚哈，大家继续讨论
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3楼2008-09-02 22:26:35
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界
★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):thx
DGGE图谱是检测突变或者SNP的存在与否的，一般会告诉你样品之间是否有SNP的存在以及有无突变的存在。
楼主所说的shannon指数是用别的软件做的吧？用于亲缘关系的鉴定或者聚类？？
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位卑未敢忘忧国。
2楼2008-09-02 08:46:41
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