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xzh410512206

银虫 (小有名气)

[求助] 关于Materials Studio(MS)和g09,固定角度优化有机分子,哪个精确?? 已有1人参与

如图8所示分子结构,我是用g09固定一边的角度,扫描了另一边,可是我家导师一直建议我用MS的Forcite模块算,
你们有谁用过MS分子力场扫描这种小分子的二面角吗??或者有见过用MS算有机小分子的文献吗??
恳请赐教。。

关于Materials Studio(MS)和g09,固定角度优化有机分子,哪个精确??


关于Materials Studio(MS)和g09,固定角度优化有机分子,哪个精确??-1
8.png
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

这个三维图与此话题无关,误传的,大家无视吧
2楼2015-09-25 14:22:00
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
g09指高斯09?
高斯主要是量子力学力学吧,量子力学计算结果通常比较准确。
MS也有量子力学模块,在同样采用量子力学的前提下,MS和高斯计算结果准确度应该相当。
至于MS Forcite模块则是分子力学模块,准确度相对较低。
此外,MS中有专门的最优构象搜索功能,具体名称我忘记了,可以以非常小的角度间隔对二面角进行从0到180°的扫描。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
3楼2015-09-25 14:28:45
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-09-25 14:28:45
g09指高斯09?
高斯主要是量子力学力学吧,量子力学计算结果通常比较准确。
MS也有量子力学模块,在同样采用量子力学的前提下,MS和高斯计算结果准确度应该相当。
至于MS Forcite模块则是分子力学模块,准确度相 ...

您所说的  “MS中有专门的最优构象搜索功能,具体名称我忘记了,可以以非常小的角度间隔对二面角进行从0到180°的扫描。”
是哪个模块呢?至少确定不是Forcite,对吗?
4楼2015-09-25 14:36:33
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-09-25 14:36:33
您所说的  “MS中有专门的最优构象搜索功能,具体名称我忘记了,可以以非常小的角度间隔对二面角进行从0到180°的扫描。”
是哪个模块呢?至少确定不是Forcite,对吗?...

不是Forcite。不过该功能可能会调用Forcite作能量计算的引擎。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
5楼2015-09-25 14:39:30
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-09-25 14:39:30
不是Forcite。不过该功能可能会调用Forcite作能量计算的引擎。...

难怪。我按导师说的,用Forcite,fix打了对勾,快速优化完根本就没固定。。。
能麻烦您再具体说一下  是怎么操作的吗?不用急着回复,有事先忙
6楼2015-09-25 14:42:39
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
xzh410512206: 金币+10, ★★★很有帮助 2015-09-25 14:53:38
引用回帖:
6楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-09-25 14:42:39
难怪。我按导师说的,用Forcite,fix打了对勾,快速优化完根本就没固定。。。
能麻烦您再具体说一下  是怎么操作的吗?不用急着回复,有事先忙...

应该是模块Conformers。
我没有具体操作过,可参考相关教程。
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
7楼2015-09-25 14:48:10
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xzh410512206

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 月只蓝 at 2015-09-25 14:48:10
应该是模块Conformers。
我没有具体操作过,可参考相关教程。...

那对于固定角度,扫描另一个角度,,是g09精确呢还是MS里这个Conformer精确呢??
8楼2015-09-25 14:54:55
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by xzh410512206 at 2015-09-25 14:54:55
那对于固定角度,扫描另一个角度,,是g09精确呢还是MS里这个Conformer精确呢??...

g09
9楼2015-09-25 15:07:16
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