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至尊木虫 (正式写手)

[交流] 求助C类错误

cif检查发现如下C类错误

PLAT420_ALERT_2_C D-H Without Acceptor       N1     -   H1A    ...          ?

LST文件中相应的信息如下

Hydrogen bonds with  H..A < r(A) + 2.300 Angstroms  and   110 deg.

D-H           d(D-H)   d(H..A)   
N1-H1A         0.860

为什么氢键没有受体呢,　空间群(P 21 21 21 )是正确的
有什么办法吗纠正这个C类错误吗
谢谢！！！！
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1楼 2008-09-01 17:32:06
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
或许不是错误.
不一定要理的.
但, 要检查一下是否有N-H...C 氢键.
你这个H是怎么加上去的? 理论加氢?
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xi2004-emuch@163.com
2楼2008-09-01 17:35:13
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2008-9-1 17:35:
或许不是错误.
不一定要理的.
但, 要检查一下是否有N-H...C 氢键.
你这个H是怎么加上去的? 理论加氢?

N-H...C 氢键?这个好像很少见呢
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3楼2008-09-01 18:18:10
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至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by xi2004 at 2008-9-1 17:35:
或许不是错误.
不一定要理的.
但, 要检查一下是否有N-H...C 氢键.
你这个H是怎么加上去的? 理论加氢?

是理论加氢
N-H...C 氢键不常见吧，有必要检查吗
谢谢！！！！！！！
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4楼2008-09-01 21:57:43
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
首先当然是看看是否加得不合理, 如果合理, 有没有常规氢键, 当然要看看有没有不常见的氢键.
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xi2004-emuch@163.com
5楼2008-09-01 22:51:07
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至尊木虫 (正式写手)
platon计算的氢键如下图
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6楼2008-09-01 23:07:19
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
抱歉, 有可能是N-H...pi 或 N-H...S 等弱的氢键, 在你这个体系里.
我先前随便说的N-H...C是不对的. 脑子里想的是C-H...N其实.

总之我的意思是如果确信加的氢没错, 还是要想办法为N-H找一个氢键, 哪怕是比较弱的.
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xi2004-emuch@163.com
7楼2008-09-01 23:39:23
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
N能理论加么  可不可以试试自己加
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8楼2008-09-02 10:31:38
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至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2008-9-2 10:31:
N能理论加么  可不可以试试自己加

自已加不行，N原子的周围没有符合键长和键角的点
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9楼2008-09-02 11:19:28
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至尊木虫 (正式写手)
请问怎么找氢键呢
附图是XP中的结果
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10楼2008-09-02 11:25:08
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