应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » DNA双向测序后，两个16S序列的拼接问题
41/1返回列表
查看: 6673  |  回复: 3
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

梦黎科研

金虫 (小有名气)

[求助] DNA双向测序后，两个16S序列的拼接问题

刚测序了一个细菌的16S序列，双向测序结果分别blast，出现的结果不一致，现在想把两者拼接之后再看准确率是否会高一些，请高手指教！谢谢！
DNAman, BioEdit等都可以……
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-09-21 21:35:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

反应链

新虫 (正式写手)
16S序列有多长？单向测序一般只有600bp序列可信，如果1.5Kb以上的双向测序也拼装不上。
赞一下 回复此楼
2楼2015-09-21 21:44:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

梦黎科研

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-21 21:44:35
16S序列有多长？单向测序一般只有600bp序列可信，如果1.5Kb以上的双向测序也拼装不上。

长度在一千四左右，生工测的，现在想拼接，用dnaman试了一下，还是不会-_-||

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
3楼2015-09-22 00:17:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

反应链

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 梦黎科研 at 2015-09-22 00:17:47
长度在一千四左右，生工测的，现在想拼接，用dnaman试了一下，还是不会-_-||
...

PCR序列拼接软件Contig Express使用简介 http://www.docin.com/p-293244074.html

关键在于双向测序结果能够形成Overlap，说明测通了。

如果没有overlap，可以在5’端约400bp-600bp的位置设计一条中间测序引物，把它测通。

DNA双向测序后，两个16S序列的拼接问题
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2015-09-22 11:49:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 梦黎科研 的主题更新
41/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭