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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » DNA双向测序后，两个16S序列的拼接问题
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梦黎科研

金虫 (小有名气)

[求助] DNA双向测序后，两个16S序列的拼接问题

刚测序了一个细菌的16S序列，双向测序结果分别blast，出现的结果不一致，现在想把两者拼接之后再看准确率是否会高一些，请高手指教！谢谢！
DNAman, BioEdit等都可以……
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1楼 2015-09-21 21:35:33
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反应链

新虫 (正式写手)
16S序列有多长？单向测序一般只有600bp序列可信，如果1.5Kb以上的双向测序也拼装不上。
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2楼2015-09-21 21:44:35
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梦黎科研

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 反应链 at 2015-09-21 21:44:35
16S序列有多长？单向测序一般只有600bp序列可信，如果1.5Kb以上的双向测序也拼装不上。

长度在一千四左右，生工测的，现在想拼接，用dnaman试了一下，还是不会-_-||

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3楼2015-09-22 00:17:47
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反应链

新虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 梦黎科研 at 2015-09-22 00:17:47
长度在一千四左右，生工测的，现在想拼接，用dnaman试了一下，还是不会-_-||
...

PCR序列拼接软件Contig Express使用简介 http://www.docin.com/p-293244074.html

关键在于双向测序结果能够形成Overlap，说明测通了。

如果没有overlap，可以在5’端约400bp-600bp的位置设计一条中间测序引物，把它测通。

DNA双向测序后，两个16S序列的拼接问题
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4楼2015-09-22 11:49:09
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