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olivelmint

[交流] 关于BLAST在引物设计方面的应用!

大家好!小弟,最近在进行引物设计,下面是个人的一些想法,也许不对,希望高人给予指点!

引物设计的步骤:

1.首先登陆GENEBANK-找到我需要的目标基因,一共有3条记录,每条记录都是我所需要的病原菌的不同区域的基因序列

2.究竟以哪一条记录的基因序列来作为我设计引物的模板呢?

于是我把每个序列都输入进primer-blast,分别检索出它帮我设计的各10对引物,每对引物都显示了潜在的非特异性模板,我筛选出含最少的同一属的潜在模板的引物,以此作为最后我所需要的引物

3.另外一种方法是:我将搜索出的三条记录分别通过primer 5.0设计引物,找出每个评分最高的引物,再分别输入BLAST,看此引物的特异性如何

高手们,帮忙看看我的这个引物设计的过程可以吗?BLAST是这样用的吗?谢谢指点!
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xyklmu

至尊木虫 (知名作家)

虫眼看世界

★ ★
reasonspare(金币+2,VIP+0):thx
设计引物其实很简单,没有必要过于依赖各种软件的。我经常手工设计引物,然后用软件做一个比较,只要两个引物本身的同源性不大就可以的。
位卑未敢忘忧国。
3楼2008-09-02 08:15:40
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查看全部 5 个回答

xiuwei001

铁杆木虫 (正式写手)

如果可以用beacon设计引物

beacon个人感觉不错
2楼2008-09-02 01:07:39
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